基于高通量测序的瞿麦叶片转录组分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 武悦

作者： 武悦;单飞彪;闫文芝;杨蕾;李彦标;陈阳

作者机构：

关键词： 瞿麦(Dianthus superbus);转录组;基因注释;代谢通路;简单重复序列

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2022 年 20 卷 005 期

页码： 1522-1529

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为获得瞿麦(Dianthus superbus L.)的基因数据并了解其基因功能,本研究通过高通量测序技术对瞿麦幼苗叶片的转录组进行测序,并对其进行生物信息学分析.通过Illumina测序平台共获得10 825条Unigene,总长度为15 384 267 bp.将获得的Unigene分别与Nr、GO、KOG等7大数据库进行比对,最终有8 255条(76.26%)Unigene获得注释.其中8 201条Unigene在Nr数据库中获得注释,注释同源物种主要是甜菜、藜麦;与GO数据库比对后获得注释Unigene 5 886条,分为细胞组分、生物进程和分子功能3个功能大类23个亚类;KEGG数据库共获得注释Unigene 6 204条,共涉及6大类45个亚类346个代谢通路,其中以新陈代谢相关通路分布较多;KOG数据库共获得注释Unigene 5 303条,分为25个功能类别,基因注释最多的为一般功能和翻译后修饰;在所有Unigene中共检测到SSR位点5 201个,以单核苷酸和三核苷酸重复为主.本研究为开展瞿麦功能基因挖掘、次生代谢途径解析和遗传多样性分析提供了理论基础.

分类号： S567.239

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