茄子SmWRKY53基因克隆与生物信息学及表达分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 尚静

作者： 尚静;刘晓慧;张爱冬;朱宗文;查丁石;孔令娟;吴雪霞

作者机构：

关键词： 茄子;WRKY53;基因克隆;生物信息学;表达分析

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2022 年 20 卷 004 期

页码： 1068-1076

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 本研究从茄子'特旺达'幼苗在高温下转录组及基因表达检测数据中,筛选出对高温胁迫响应明显的SmWRKY53基因,并对其进行克隆和生物信息学及初步表达分析.序列分析显示,SmWRKY53基因的开放阅读框为1 083 bp,编码360个氨基酸.结构域分析显示,SmWRKY53第138到144个氨基酸含有一个典型的"WRKYGQK"保守结构域,锌指结构为C2HC型,属于GroupⅢ亚家族.对其进行同源性比对及系统进化树分析发现,SmWRKY53与马铃薯(Solanum tuberosum)StWRKY53亲缘关系最近,同源性高达91.41%.生物信息学预测显示,SmWRKY53为碱性不稳定亲水性蛋白,无信号肽和跨膜结构域,其蛋白的二级结构元件中无规则卷曲比例最高,达63.89%,且存在氨基酸无序化结构区,亚细胞定位预测该蛋白最可能定位于细胞核内.RT-qPCR分析表明,SmWRKY53在茄子成熟茎中的相对表达量最高,在果肉中表达量最低.高温胁迫下,茄子幼苗的根、茎和叶中SmWRKY53表达量先升高后降低,且在3h达到峰值.本研究为进一步探究SmWRKY53在茄子中发挥的功能提供参考依据.

分类号： S641.1

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