花生栽培种EST-SSRs分布特征及应用研究

文献类型： 中文期刊

第一作者： 梁炫强

作者： 梁炫强;洪彦彬;陈小平;刘海燕;周桂元;李少雄;温世杰

作者机构：

关键词： 花生栽培种;EST;SSR;开发

期刊名称： 作物学报

ISSN： 0496-3490

年卷期： 2009 年 35 卷 02 期

页码： 246-254

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 利用自行开发的20160条花生栽培种荚果EST,通过序列拼接,获得8289条无冗余EST。经搜索,共检测出740个SSR位点,分布于651条EST中,发生频率为7.8%,平均每6.8kbEST序列含一个SSR位点。功能注释结果表明具生物过程、分子功能和细胞组分的EST分别为73、111和56条。在花生荚果EST-SSR中,三核苷酸重复类型出现频率最高,占总SSR的62.8%,其次是二核苷酸重复类型,占总SSR的33.6%。在出现的26类重复基序中,AG/TC重复基序出现频率最高,AAG/TTC次之。利用Primer premier5从651条含有SSR的EST中共设计引物233对,从中随机选取100对引物检测EST-SSR在花生栽培种中的多态性及在野生种中的可转移性。结果表明,有86对引物在供试的22个花生栽培品种中得到有效扩增,其中10对在栽培种中具有多态性,每对引物检测出的等位基因数2～3个,平均2.2个。可扩增引物在野生种中的可转移率为12.5%～100.0%,平均96.0%。在野生种间检测出多态性的引物76对,每对引物检测出等位基因2～9个,平均4.06个。

分类号： S565.2

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