芒果果实转录组数据组装及基因功能注释

文献类型： 中文期刊

第一作者： 武红霞

作者： 武红霞;许文天;罗纯;姚全胜;王松标;马小卫;詹儒林

作者机构：

关键词： 芒果;转录组;功能注释

期刊名称： 热带作物学报

ISSN： 1000-2561

年卷期： 2016 年 37 卷 11 期

页码： 2191-2198

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 以红芒6号为试材,对生长发育各时期果皮与果肉样品提取RNA后等量混合进行转录组测序,共获得了68 419 722个reads,包含6 157 744 980个核苷酸序列信息,平均读长90 bp,序列信息全部登陆NCBI数据库(SRP035450)。对reads进行拼接,共获得124 002个Contig片段,进一步组装获得54 207个Unigene片段,平均长度为838 bp,阈值小于10-5的序列中共有42 515(78.43%)个unigenes被注释到公共蛋白数据库。其中,35 198个被注释到生物学过程、分子功能和细胞组分GO类别的44个功能组,14 619个Unigene匹配到25类COG功能组,23 741个Unigene被富集到128个KEGG代谢通路,包括代谢途径、次生代谢的生物合成、植物-病原物互作、植物激素信号转导、苯丙氨酸生物合成、淀粉和蔗糖代谢、类黄酮类化合物合成等。本研究将为进一步的芒果功能基因克隆、基因表达分析、分子标记开发等研究奠定基础。

分类号： S667.7

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