基于重测序的菠萝基因组InDel标记的开发

文献类型： 中文期刊

第一作者： 贺涵

作者： 贺涵;刘传和;喻梦凡;袁梦萍;魏岳荣;杨敏;邝瑞彬;周陈平;吴夏明;徐泽

作者机构：

关键词： 菠萝;重测序;InDel标记;遗传多样性分析

期刊名称： 生物技术通报

ISSN： 1002-5464

年卷期： 2025 年 41 卷 002 期

页码： 65-76

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 【目的】基于菠萝种质的基因组重测序数据研发菠萝InDel分子标记，为菠萝种质资源的创新利用奠定理论基础。【方法】选取4份代表性菠萝种质进行基因组重测序，鉴定插入/缺失长度大于30 bp的InDel位点。根据InDel位点信息设计InDel标记引物，选择扩增条带清晰、分离效果好的引物用于菠萝种质遗传多样性分析。【结果】在4份菠萝种质中鉴定到插入/缺失长度大于30 bp、测序深度大于10×的InDel位点1 559个。基于InDel位点的上下游序列信息，在全基因组范围内设计候选InDel标记引物372对，其中264对引物表现出稳定的多态性，多态性比例为70.97%。采用50对多态性高的核心标记引物分析58份菠萝种质的遗传多样性。共检测到等位位点103个；各标记的平均有效等位位点数（Ne）为1.816 4个；Shannon's多样性指数（I）的变异范围为0.272 8-0.746 4，平均值为0.634 6；多态性信息含量（PIC）为0.132 9-0.425 1，平均值为0.342 2;Nei’s基因多样性指数（H）变异范围为0.143 1-0.514 3，平均值为0.441 2。通过聚类分析在遗传距离0.75处将58份菠萝种质分为4个类群，其中第Ⅳ类群可进一步分为2个亚群。采用群体结构分析将58份种质划分为2个稳定群体，其中POP-1群体与聚类分析获得的第Ⅳ-2亚群重合，主要由纯种卡因类种质组成。【结论】研发的50个菠萝核心InDel标记能精准区分不同菠萝品种，对于深化菠萝遗传多样性分析、完善遗传图谱构建和加速分子标记辅助育种进程具有重要意义。

分类号： S668.3

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