南阳牛生长性状相关基因组区域全基因组关联分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 吕世杰

作者： 吕世杰;陈付英;张子敬;施巧婷;辛晓玲;楚秋霞;李文军;柏中林;王二耀;徐照学

作者机构： 河南省农业科学院畜牧兽医研究所;泌阳县动物疫病预防控制中心

关键词： 南阳牛;生长性状;SLAF-seq;全基因组关联分析;候选基因

期刊名称： 中国畜牧兽医

ISSN： 1671-7236

年卷期： 2020 年 01 期

页码： 74-82

收录情况： 北大核心

摘要： 本研究旨在筛选和鉴定与南阳牛生长性状相关的基因组区域和候选基因,从而更好地了解牛生长性状的遗传机制。试验共采集71头南阳牛母牛血样并提取基因组DNA,利用SLAF-seq(specific-locus amplified fragment sequencing)技术获得全基因组SNP标记并对试验个体基因型进行分型。对每头个体初生重及不同月龄(6、12、18、24、36)的体重、体高、体斜长、胸围和坐骨端宽及每6个月体增重等生长性状进行全基因组关联分析;获得显著相关的基因组区域后,对其中基因进行功能注释以筛选候选基因。结果显示,共获得141 755个筛选后的SNPs,通过全基因组关联分析鉴定出5个分别与12月龄体重(8号染色体:17 320 634～17 347 720 bp)、12月龄胸围(2号染色体:15 063 190～15 155 309 bp)、24月龄体斜长(11号染色体:60 727 342～81 425 987 bp)、36月龄坐骨端宽(14号染色体:15 635 762～15 643 272 bp)和12～18月龄体增重(26号染色体:40 456 192～40 456 477 bp)等生长性状显著相关的基因组区域(LOD≥6.35)。通过对5个基因组区域内的186个基因进行功能注释,共筛选得到11号染色体上的8个基因(BMP10、IFT172、SDC1、TCF23、TRIM54、RAB1A、VPS54和GDF7)与骨生长、肌肉发育和生长调控有关,建议其可优先作为牛生长性状相关候选基因进行进一步验证。

分类号： S823.2

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