西藏桑桑牦牛CXCR2基因克隆及生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 申金伟

作者： 申金伟;洛桑顿珠;平措占堆;卓玛次仁;尼玛加措;成述儒;梁春年

作者机构：

关键词： 桑桑牦牛;CXCR2基因;克隆;生物信息学分析

期刊名称： 中国草食动物科学

ISSN： 1002-6037

年卷期： 2024 年 44 卷 005 期

页码： 57-63

摘要： 为了研究牦牛CXCR2基因的结构、生物学功能及影响牦牛生长发育的机制,以西藏桑桑牦牛脂肪组织cDNA为模板,利用RT-PCR克隆牦牛CXCR2基因的编码区序列(Coding sequence,CDS),并对其进行生物信息学分析、结构域预测及蛋白理化性质预测,利用RT-qPCR技术进行组织表达分析.结果表明,桑桑牦牛CXCR2基因的CDS区全长876 bp,共编码291个氨基酸;结构域预测结果显示,在CXCR2氨基酸序列的1~245位有1个Pfam家族的7tm_1结构域;CXCR2蛋白分析预测结果显示,该蛋白有5个跨膜结构,无信号肽区域,分子量32 855.55 Da,原子总数4 726个,分子式为C1524H2416N392O374S20,不稳定性指数29.45,表明该蛋白质为稳定蛋白,理论等电点9.86,脂肪系数120.27,总平均亲水系数-0.657,为疏水性蛋白,共有21个磷酸化位点;亚细胞定位预测结果显示,桑桑牦牛CXCR2基因主要分布于内质网(55.6%)、线粒体(22.2%)和细胞核(22.2%)中;系统进化树结果显示,桑桑牦牛与瘤牛亲缘关系最近,与水牛亲缘关系最远.

分类号： S823.8+5

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