中华绒螯蟹核糖体DNA全序列分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 俞菊华

作者： 俞菊华;李红霞;戈贤平;李建林;唐永凯

作者机构：

关键词： 中华绒螯蟹;核糖体DNA;个体内差异;IGS结构

期刊名称： 水产学报

ISSN： 1000-0615

年卷期： 2010 年 34 卷 05 期

页码： 51-58

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 核糖体DNA通常被选作系统发育研究的分子标记,核糖体DNA中IGS部分序列的变异在一定程度上影响着生物的生长。报道了中华绒螯蟹核糖体DNA全序列的分离和序列特征。中华绒螯蟹核糖体DNA全长11660bp,包括18S(1873bp),ITS1(317bp),5.8S(163bp),ITS2(614bp),28S(4461bp)和IGS(4240bp);不同部分AT含量在40.1%～48.6%之间,低于果蝇(55.8%～80.0%),高于鲤(22.0%～43.7%)。平均100个核苷酸含简单重复序列(SSR)数由高到低依次为ITS2(0.98%),IGS(0.49%),28S(0.38%),ITS1(0.32%),18S(0.21%),5.8S(0%)。个体内差异分析结果表明,中华绒螯蟹个体内存在两类ITS2序列,其中一类在405nt处有一12bp(CGCAGGACCACC)插入序列。中华绒螯蟹rDNA的IGS部分长4240bp,AT含量为42.6%。IGS部分包含一个有约7个连续136～139bp单元组成的重复序列区,重复序列单元中存在XhoⅠ内切酶位点,为河蟹特有的重复序列;重复序列区后有一个由182个碱基对形成的柄和21bp的环组成的发夹结构。中华绒螯蟹核糖体DNA序列的揭示将为继续研究不同地理种群间的差异标记和挖掘与生长率相关的核糖体DNA分子特性提供理论基础。

分类号： S917.4

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