口蹄疫病毒OT株的全基因组序列测定及比较分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 吕占禄

作者： 吕占禄;王光祥;尚佑军;刘湘涛

作者机构：

关键词： 口蹄疫病毒;全基因组;编码区;分子生物学特性;序列比对

期刊名称： 畜牧兽医学报

ISSN： 0366-6964

年卷期： 2012 年 43 卷 01 期

页码： 90-97

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 参考GenBank上已发表的口蹄疫病毒(FMDV)全长基因组序列,设计了覆盖基因组全长的数对引物,通过RT-PCR方法对口蹄疫病毒OT株进行分段克隆及序列测定。结果表明不含poly(C)序列的OT株基因组全序列长8 142nt,开放读码框(ORF)长6 969nt、编码2 322aa,5′UTR长1 004nt,3′UTR长93nt,3′UTR之后为23nt的poly(A)尾巴。应用分子生物学软件将OT株与FMDV其它参考毒株进行序列比对,并对其基因特征进行分析。结果显示,OT株的假结节(Pseudoknots)从第415—499位连续缺失85nt,但是其3A基因却未发生碱基的缺失。其VP1基因的核苷酸同源性与O/Akesu58、OMⅢ两株最高,但OT株在进化时间上要比O/Akesu58、OMIII早很多,其毒株起源和遗传衍化关系还需要进一步的关注。

分类号： S852.659.6

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