甘薯KUP/HAK/KT基因家族的全基因组鉴定和表达模式分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 吴胜男

作者： 吴胜男;孙凯;张海;刘峰;张永光;王凤

作者机构：

关键词： 甘薯;IbKUP/HAK/KT基因家族;生物信息学;逆境胁迫

期刊名称： 西南农业学报

ISSN： 1001-4829

年卷期： 2022 年 35 卷 007 期

页码： 1491-1499

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： [目的]鉴定与分析甘薯KUP/HAK/KT基因家族,为进一步深入对IbHAK基因功能研究提供理论基础.[方法]基于生物信息学手段,利用泰中6号基因组数据,在全基因组水平对甘薯KUP/HAK/KT基因家族进行鉴定,同时进一步对家族成员的基本特征、系统进化、基因复制和表达模式进行分析.[结果]在甘薯中共鉴定到22个IbHAK基因,蛋白质长度为227~1252 aa,分子量为18 297.95~140 640.46 u,等电点为5.54~9.31,全部定位于质膜上,蛋白完整的二级结构有4~13个跨膜区.依据系统进化关系,将其分为Cluster Ⅰ、Cluster Ⅱ、ClusterⅢ和ClusterⅣ 4个进化簇.染色体定位结果显示22个基因分布在11条染色体上,其中Chr4染色体上分布最多,有4个IbHAK基因,22个IbHAK基因中共产生8个复制基因.22个IbHAK基因都含有TATA和CAAT调控植物生长发育相关元件以及光响应元件,且所有的IbHAK基因至少含有1种逆境响应元件和1种激素响应元件.IbHAK基因呈现出组织表达特异性,其中IbHAK6、IbHAK8、IbbHAK9、IbHAK22在根中表达量最高,逆境胁迫下多个IbHAK基因出现表达量变化.[结论]从甘薯全基因组鉴定22个KUP/HAK/KT基因家族成员,甘薯KUP/HAK/KT基因家族成员在进化上比较保守,IbHAK6、Ibb-HAK8、IbHAK9、IbHAK22在甘薯根形成过程中发挥作用,大部分IbHAK基因能够响应逆境胁迫.

分类号： S531

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