葡萄EST-SNP位点的信息与特征

文献类型： 中文期刊

第一作者： 李猛

作者： 李猛;郭大龙;刘崇怀;张国海;侯小改

作者机构：

关键词： 葡萄;表达序列标签;单核苷酸多态性;筛选原则

期刊名称： 浙江大学学报(农业与生命科学版)

ISSN： 1008-9209

年卷期： 2012 年 38 卷 03 期

页码： 263-270

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为了从不同基因型葡萄组织的表达序列标签(EST)中得到候选单核苷酸多态性(SNP)位点,从NCBI的dbEST数据库中下载来源于9个不同葡萄基因型的不同组织EST序列42 493条,利用CAP3软件拼接得到6 126个重叠群(contig),将拼接结果导入QualitySNP进行SNP筛选;同时,为提高候选SNP位点的可靠度,降低小规格contig开发SNP的假阳性率和大规格contig开发SNP的假阴性率,设置候选SNP位点的次要等位基因频率至少为30%,SNP侧翼序列保守度至少为5bp。结果表明:仅在1 195个contig中存在候选SNP位点,共5 032个,其中包括1 800个颠换类型,2 896个转换类型,336个单碱基的插入与缺失(indel),SNP的平均出现频率为4.2SNP.contig-1。利用CAPS(酶切扩增多态序列)分子标记和重测序方法对其中几个候选SNP位点进行验证表明,符合人工筛选原则且来自于小规格contig的候选SNP位点检测结果较好,可靠度最高。

分类号： S663.1

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