苹果脱水素基因生物信息学识别与表达分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 冯闯

作者： 冯闯;王珊珊;赵晨辉;李粤渤;宋宏伟;李红莲;张冰冰;梁英海

作者机构：

关键词： 苹果;脱水素;生物信息学;低温胁迫;氨基酸亲水性

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2022 年 20 卷 004 期

页码： 1112-1118

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 本研究使用Perl语言在'金冠'苹果基因组中识别脱水素基因(MD-DHN)序列,并对MD-DHN系统发生关系、保守序列、氨基酸一级结构以及疏水性等进行了生物信息学分析,并利用低温处理下'金红'、'金冠'苹果转录组测序数据,分析了 MD-DHN表达差异.在'金冠'苹果基因组中,共识别17个MD-DHN,根据系统发生关系可以归类为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ 3个亚族,Ⅰ类亚族的成员最多,Ⅲ类亚族最少,均包含Y、S、K序列区,但Ⅰ类亚族K区一致性不高.17个MD-DHN蛋白都具有高亲水性,但是不同蛋白序列之间亲水性存在差异.17个MD-DHN中,有11个MD-DHN响应苹果冷胁迫和冰冻胁迫,其中10个脱水素基因(MDDHN1~MD-DHN5,MD-DHN8~MD-DHN10,MD-DHN13和MD-DHN 15)在冰冻胁迫下,在更耐寒'金红'苹果中高表达.本研究为进一步探讨MD-DHN基因功能提供了依据.

分类号： S661.1

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