广西莪术EST-SSR标记开发及其在遗传多样性分析中的应用

文献类型： 中文期刊

第一作者： 杨妮

作者： 杨妮;郭嗣斌;王建;刘平武;李孝琼;谢巍;苏伟敏;靳雅慧

作者机构：

关键词： 广西莪术;姜黄;表达序列标签-简单重复序列;引物开发;特异引物标记技术;分子标记体系;微卫星序列;遗传多样性分析

期刊名称： 药物分析杂志

ISSN： 0254-1793

年卷期： 2017 年 12 期

页码： 2291-2300

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 目的:分析姜黄表达序列标签(EST)中简单重复序列(SSR)位点的分布特点,开发近缘种广西莪术EST-SSR引物,探讨EST-SSR用于进行广西莪术遗传多样性分析及分子育种的可行性。方法:下载NCBI中公布的姜黄EST 12 678条,利用SSR-FINDER搜索SSR位点,筛选符合条件的序列,采用Primer 5.0设计SSR引物,挑选30个表现型差异较大的广西莪术种质进行引物有效性及多态性检测,对50份广西莪术种质进行遗传多样性分析。结果:12 678条EST序列含有SSR位点1 243个,其中二核苷酸出现频率为50.36%,三核苷酸31.54%,四核苷酸10.30%,以AT/TA和CT/GA出现频率最高。利用Primer 5.0设计引物共325对,聚合酶链式反应(PCR)检测表明,104对引物可以扩增出理想PCR产物,在至少30份不同种质广西莪术中检测到48对SSR引物具有多态性,占设计引物的38.09%。遗传多样性分析研究,聚类分析结果表明50份广西莪术种质在相关系数0.7处,聚类为2类,遗传相似性系数变化范围较窄。结论:姜黄EST资源中含有高频率的SSR位点,且EST-SSR标记开发效率较高。本研究开发了48对广西莪术EST-SSR标记,并筛选出富含SSR位点的候选序列,用聚类图验证了植物之间的亲缘关系,为广西莪术遗传多样性分析和分子育种研究提供参考。

分类号： S567.239

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