两个糙皮侧耳菌株的比较基因组学研究

文献类型： 中文期刊

第一作者： 王丽宁

作者： 王丽宁;赵梦然;邬向丽;黄晨阳;曲积彬

作者机构：

关键词： 比较分析;遗传变异;GO富集分析;生物信息学

期刊名称： 菌物学报

ISSN： 1672-6472

年卷期： 2019 年 12 期

页码： 2133-2143

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 随着糙皮侧耳基因组测序的完成,基因组数据的深入挖掘和利用成为研究重点。本研究基于较高质量的糙皮侧耳CCMSSC00389-1和CCMSSC03989-1基因组图谱,开展了种内比较基因组学分析。CCMSSC00389-1和CCMSSC03989-1的11条染色体序列表现出良好的共线性,且分别含有89.92%和91.68%的保守基因。对菌株特有基因的GO富集分析表明,两菌株各自分化出一些独特的调控方式或途径。CCMSSC00389-1和CCMSSC03989-1之间共存在931542个单核苷酸多态性位点,231654个插入/缺失和9221个结构变异。对与遗传变异重叠基因的GO富集分析表明,碳水化合物降解、物质运输/催化和调控/蛋白活性相关的基因分别容易发生SNP、In/Del和SV变异。CCMSSC00389-1中50.326kb缺失序列的断点两侧含有双链断裂修复(DSB)信号,推测DSB介导50.326kb序列的缺失。

分类号： S646.141

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