副猪嗜血杆菌肽聚糖相关脂蛋白(PalA)的序列分析及三维结构建模

文献类型： 中文期刊

第一作者： 周伦江

作者： 周伦江;车勇良;陈如敬;江斌;王隆柏;魏宏;吴学敏;庄向生

作者机构： 福建省农业科学院畜牧兽医研究所

关键词： 副猪嗜血杆菌;肽聚糖相关脂蛋白;序列分析;同源建模

期刊名称： 畜牧兽医学报

ISSN： 0366-6964

年卷期： 2012 年 43 卷 03 期

页码： 438-445

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为深入研究副猪嗜血杆菌(Haemophilus parasuis,Hps)肽聚糖相关脂蛋白(Peptidoglycan-associated lipo-protein,palA)的生物学特性,设计了一对特异性引物,应用PCR方法来扩增Hps palA的全基因序列,进行克隆和测序。采用生物信息学方法,对Hps的palA基因核苷酸及其编码氨基酸序列进行比对,选取其中的血清学5型分离株,对其PalA蛋白的分子结构、理化性质及结构功能域、蛋白质二级结构等重要参数进行了预测和分析,并对PalA蛋白的三级结构进行了同源建模。结果显示,PCR扩增出462bp的目的片段;测序结果显示出不同血清型Hps之间palA基因核苷酸序列相似性有一定的差异,而所对应的氨基酸序列却差异很小;密码子偏爱性分析表明palA基因主要偏好GCA和AAA;PalA蛋白的理论等电点为6.28,偏弱酸性;PalA蛋白的二级结构以α螺旋、不规则卷曲和延伸链为主要构件;Hps的PalA蛋白的氨基酸序列与流感嗜血杆菌Pal蛋白的相似性为71.97%,以Pal蛋白结构为模板成功构建了Hps的PalA蛋白三维结构分子模型,该PalA蛋白三维结构与Pal蛋白相似,也含有肽聚糖结合口袋区,主要由第80位的酪氨酸(Tyr)、第39位的苯丙氨酸(Phe)和第84位的亮氨酸(Leu)组成。Hps的PalA蛋白的成功建模为PalA蛋白功能的深入研究提供了参考依据。

分类号： S852.61

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