茶树CsNRT1.1基因密码子使用特性分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 胡振民

作者： 胡振民;万青;李欢;李荣林;王枫;杨亦扬

作者机构：

关键词： 茶树;密码子;偏好性;硝态氮;CsNRT1.1基因

期刊名称： 江苏农业学报

ISSN： 1000-4440

年卷期： 2019 年 35 卷 004 期

页码： 896-903

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 运用CUSP、Condow等程序对茶树CsNRT1.1基因、茶树基因组及不同物种NRT1.1基因进行密码子使用特性分析,并比较了CsNRT1.1基因与不同模式物种密码子使用偏好性差异.结果显示,茶树CsNRT1.1基因编码区偏好使用A/U,密码子结尾偏好使用G/C,RSCU值>1的偏好性密码子有26个,其中偏好性较强的只有AGG(RSCU>2),并偏好以G/C结尾;CsNRT1.1基因和茶树基因组中密码子偏好性存在差异,共计25个密码子使用偏好性存在明显差异,5个氨基酸密码子偏好性完全一致;CsNRT1.1等少数NRT1.1基因的ENc值较高,CAI、CBI值较低,说明其密码子使用偏好性较低,同时基因表达水平可能较低;CsNRT1.1基因与双子叶植物拟南芥、烟草及酵母菌密码子偏好性差异较小;对NRT1.1基因基于编码基因序列(CDS)组成和基于密码子偏性的聚类分析结果存在一定差异,但在一定程度上都能反映物种间的亲缘关系.

分类号： S571.101

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