基于荧光SSR的宁夏糜子DNA分子身份证的构建

文献类型： 中文期刊

第一作者： 曹越

作者： 曹越;张立媛;辛旭霞;冯智尊;郭娟;王晓丹;曹晓宁;SANTRA Dipak K;陈凌;乔治军;王瑞云

作者机构：

关键词： 糜子;宁夏;毛细管电泳;荧光SSR;DNA分子身份证;染色体定位

期刊名称： 作物学报

ISSN： 0496-3490

年卷期： 2024 年 50 卷 011 期

页码： 2699-2711

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 糜子(Panicum miliaceum L.)种质资源丰富,在干旱环境中具生产优势,基于荧光SSR标记构建其DNA分子身份证可为资源的数字化管理提供理论依据和分子检测工具。本文以274份宁夏糜子核心种质为试验材料,对山西农业大学前期开发的糜子特异性SSR标记进行多次PCR筛选和优化后获取核心引物。基于糜子参考基因组信息,经过BLAST序列比对后将核心标记进行染色体定位。在SSR引物的5′端标注荧光(FAM/HEX),利用毛细管电泳给出材料的基因型,采用“0,1”二进制编码方式记录扩增条带的有无,使用IDAnalysis 4.0检测材料的区分程度。采用十进制(0～9)统计扩增片段大小以获得材料的字符串分子身份证。使用Popgene、Powermarker、MEGA、NTSYS进行遗传多样性、遗传聚类和主成分分析。利用二维码在线软件(https://cli.im/)给出材料的二维码DNA分子身份证。PCR扩增结果发现,10个荧光SSR (RYW6、RYW125、RYW43、RYW3、RYW40、RYW37、RYW42、RYW8、RYW28和RYW124)组合在一起可以将274份材料全部区分开。BLAST结果表明, RYW124分布在12号染色体上,位于7.8 cM处; RYW40分布在4号染色体上,位于42.64 cM处; RYW42分布在13号染色体上,位于34.63 cM处, RYW28分布在16号染色体上,位于2.34 cM处, RYW8分布在3号染色体上,位于9.90cM处。274份材料在10个位点共检出125个等位变异,平均每个位点为12.5个,变幅为5.0000(RYW3)～25.0000(RYW6);检出的Shannon多样性指数(I)为1.2458(RYW3)～2.6568(RYW6),平均为1.8532;观测杂合度(Ho)为0.5185(RYW40)～0.9964(RYW124),平均为0.8674;期望观测杂合度(He)为0.5724(RYW40)～0.9108(RYW42),平均为0.7784;Nei’s基因多样性指数(Nei)为0.5711(RYW40)～0.9091(RYW42),平均为0.7767;多态性信息含量(PIC)为0.6563 (RYW3)～0.9602 (RYW42),平均为0.8399。聚类分析和主成分分析均将材料划归4个类群。将电泳条带进行数字编码,利用10个标记组合,构建了全部材料的字符串和二维码DNA分子身份证。

分类号： S516

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