花生全基因组变异的鉴定和InDel标记的开发及应用

文献类型： 中文期刊

第一作者： 张雪姣

作者： 张雪姣;季木灯;王丽媛;李启彪;徐磊;江日东;徐志军

作者机构：

关键词： 花生;全基因组变异;InDel;分子标记;遗传多样性

期刊名称： 植物遗传资源学报

ISSN： 1672-1810

年卷期： 2024 年 25 卷 012 期

页码： 2136-2148

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 利用13个花生品种的重测序数据进行花生全基因组变异鉴定，分析InDel在花生基因组上的分布特点，开发、验证并评估InDel标记在花生亲缘关系和品种鉴定中的效率。结果表明，从13个花生品种中共检测到313432个高质量SNP和38777个高质量InDel，平均分布密度分别为123个/Mb和15.23个/Mb;InDel和SNP主要分布于基因间，分别占检测SNP和InDel总数的52.347%和60.081%。利用插入或缺失长度≥10 bp的InDel位点进行标记开发，共有3675个位点可以进行引物设计，这些位点在花生20条染色体上分布不均匀，平均分布密度为1.48个/Mb。e-PCR检测表明，InDel引物扩增位点以1个位点为主，有效引物数为2561对（69.69%），可检测出3133个位点，根据引物扩增位点在基因组上的位置信息绘制了扩增位点的物理图谱。在100对随机引物中，共有31对在4个亲缘关系较远的花生品种中存在差异条带，31对引物在47份花生品种（育种系）中共检测到62个等位变异，主基因频率范围为0.51～0.98，平均为0.77；多态性信息量范围为0.04～0.37，平均为0.24。聚类分析和群体结构分析均可将47份花生品种（育种系）分为2个类群，且结果基本一致；47份材料最少可用7个标记进行区分，表明开发的InDel标记可以有效地用于花生遗传多样性的评估和品种鉴定。研究结果丰富了花生的分子标记，为InDel标记在花生资源遗传多样性、品种鉴定、指纹图谱构建等遗传研究中的利用提供了帮助。

分类号： S565.2

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