基于RNA-Seq筛选ALV-J感染汶上芦花鸡肝差异表达致病相关基因

文献类型： 中文期刊

第一作者： 张会永

作者： 张会永;吴井生;杨剑波;俞燕;薛倩;殷建玫;朱云芬;朱静;苏一军;李国辉;韩威

作者机构：

关键词： 汶上芦花鸡;J亚群白血病病毒;转录组测序;差异表达基因

期刊名称： 畜牧兽医学报

ISSN： 0366-6964

年卷期： 2020 年 51 卷 008 期

页码： 2003-2011

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为挖掘感染A L V-J汶上芦花鸡的肝差异表达致病相关基因.本研究以汶上芦花鸡为试验素材,分别在42和300日龄进行ALV血液病毒分离检测筛选ALV阴性和阳性个体,对ALV阳性个体有病理变化的肝组织和阴性个体肝组织进行PCR检测,分别选取3只ALV阳性(G1组)和阴性(G2组)个体的肝组织,并对G1组PCR产物测序、聚类分析确定ALV亚型,利用RNA-Seq测序技术筛选差异表达基因,并进行功能分析,利用荧光定量qRT-PCR对部分差异表达基因进行验证.结果表明,G1组样品经PCR检测、PCR扩增产物测序和聚类分析确定ALV为J亚型,转录组分析发现,共有42个差异基因在GO和KEGG中富集,其中,上调基因18个,下调基因24个.随机选取的5个差异表达基因qRT-PCR验证结果与RNA-Seq测序结果相一致.GO分析显示,差异表达基因主要涉及细胞过程、代谢过程、对刺激的反应、免疫系统等;KEGG分析显示,差异表达基因主要富集在细胞过程、信号传导、疾病、新陈代谢等信号通路.本研究通过转录组分析发现了影响ALV-J致病性的多个基因和关键信号通路,为深入了解ALV-J致病的分子机制提供了思路.

分类号： S831.2

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