新型亲和去垢小柱净化-液相色谱-串联质谱法分析水稻叶片蛋白质组

文献类型： 中文期刊

第一作者： 曹晓林

作者： 曹晓林;巩佳第;陈铭学;于莎莎;卞英芳;曹赵云

作者机构：

关键词： 亲和去垢小柱;纳升液相色谱-线性离子阱/静电场轨道阱组合式高分辨质谱;鸟枪法;蛋白质组学;水稻叶片;十二烷基硫酸钠

期刊名称： 色谱

ISSN： 1000-8713

年卷期： 2014 年 11 期

页码： 1181-1186

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 采用亲和去垢小柱净化,建立了水稻叶片蛋白质组的纳升液相色谱-串联质谱分析方法。水稻叶片蛋白质分别采用酚提取法结合十二烷基硫酸钠(sodium dodecyl sulfate,SDS)裂解,裂解液经亲和去垢小柱净化,酶解肽段用纳升液相色谱-线性离子阱/静电场轨道阱组合式高分辨质谱(nanoLC-LTQ/Orbitrap MS)分析,相关数据库检索鉴定。比较了超滤辅助样品制备法(FASP法)、亲和去垢小柱法和丙酮沉淀法对SDS去除效率及对蛋白质鉴定结果的影响。结果表明:3种方法均有较好的SDS去除效果(去除效率均大于95%);尽管3种方法鉴定的蛋白质种类具有一定的互补性,但以亲和去垢小柱法鉴定的蛋白质数目最多,为563种,远多于FASP法和丙酮沉淀法的196和306种;此外,亲和去垢小柱法适合于各种相对分子质量和不同pI值蛋白质的净化,而FASP法和丙酮沉淀法中不同相对分子质量和pI值蛋白质均有类似程度的损失。采用本文建立的方法,一次进样分析可鉴定出水稻叶片蛋白质多达588种;肽段匹配数≥2的296个蛋白质的生物学功能主要分为结合活性、酶活性、转移运输活性和结构组成等。该蛋白质分析方法可为开展水稻蛋白质组学研究提供技术参考。

分类号： S511`O657.63

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