长尾草金鱼成熟期雌雄性腺RNA-Seq转录组分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 张升利

作者： 张升利;付成东;梁拥军;李文通;孙砚胜

作者机构：

关键词： 金鱼;性腺;转录组;微卫星;单核苷酸多态性

期刊名称： 水产科学

ISSN： 1003-1111

年卷期： 2014 年 12 期

页码： 750-756

收录情况： 北大核心

摘要： 为探究长尾草金鱼成熟期雌雄性腺的RNA-Seq转录组,运用Illumina RNA测序技术,对长尾草金鱼成熟期性腺分别进行了转录组测序。其中卵巢经两端测序共获得清洁数据61769892条,含有6.18G碱基,平均错误率0.03%,左右端测序GC含量分别为51.15%和51.2%。精巢经两端测序共测得清洁数据69557514条,含有6.96G碱基,平均错误率0.03%,左右端测序GC含量分别为48.91%和49.44%。两个转录组数据混合拼接后得到170245个转录本,共80591个独立基因。将上述独立基因与多个数据库进行比对,得到注释的基因为51364条,占总数的63.73%。基因本体分类中,细胞过程、细胞、绑定等二级分类为条数较多分类项。转录组数据经筛查共得到17347个微卫星标记和363416个单核苷酸多态性标记。两个转录组基因表达量差异比较结果显示,雌雄样本间表达差异基因共6317个。上述工作不仅为该种的基因克隆和标准及筛选提供了基础数据,也为分子水平阐明其性腺分化和发育机理打下了基础。

分类号： S917.4

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