亚洲草鱼群体的差异甲基化分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 魏上

作者： 魏上;谢玲莉;朱华;张清靖;沈玉帮;徐晓雁;李家乐

作者机构：

关键词： 草鱼;基因组;甲基化测序;差异甲基化

期刊名称： 水产学报

ISSN： 1000-0615

年卷期： 2023 年 003 期

页码： 101-113

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为探究水产养殖过程中DNA甲基化对亚洲草鱼群体人工驯化与环境选择适应的影响，本实验对亚洲范围内8个地区的养殖和野生草鱼群体进行了全基因组甲基化测序，测序序列经质控后比对到草鱼参考基因组上，并进行差异甲基化分析和功能富集分析。结果显示，甲基化测序共获得308.15 Gbp测序数据，平均测序深度31×，平均比对率62.97%。对5个养殖群体分别与野生背景群体间进行差异甲基化分析，共发掘出76 422个差异甲基化位点、3 737个差异甲基化区域、1 950个差异甲基化基因。功能分析发现，差异甲基化基因被注释到血管生成、神经嵴细胞迁移、T细胞分化、颅骨系统发育、肌肉细胞发育等GO功能分类中。KEGG代谢途径富集分析的结果显示，差异甲基化基因主要参与细胞黏附连接、Notch信号通路和Wnt信号通路等代谢途径。在这些功能注释的基因中，有许多与神经、免疫、骨骼和肌肉等组织发育相关的重要基因，如sema3d、sema5bb和nrg2a等。本研究进一步对表观遗传修饰在草鱼人工驯化和环境选择适应作用机制的探究奠定了基础，为保存和科学利用草鱼种质资源提供了有价值的遗传基础数据。

分类号： S917.4

  • 相关文献

[1]首乌散对养殖草鱼品质影响的研究. 欧志明,武平,王广军. 2009

[2]草鱼、鳊对南方几种牧草的适口性评价研究. 冯德庆,黄秀声,唐龙飞,陈钟佃. 2006

[3]草鱼四联疫苗在鱼禽(畜)养殖塘试验总结. 廖国礼. 2011

[4]草鱼种群SSR分析中样本量及标记数量对遗传多度的影响. 李鸥,赵莹莹,郭娜,鲁翠云,孙效文. 2009

[5]饲喂蚕豆对草鱼抗氧化能力及免疫机能的影响. 吴康,黄晓声,金洁南,李男,张学振. 2015

[6]南方红壤山区鱼用优质牧草利用技术研究. 冯德庆,陈钟佃,黄秀声,唐龙飞. 2006

[7]用15 N同位素示踪技术研究稻草饲养草鱼蛋白质转化效果及其应用. 陈君琛,沈恒胜,宋保京,廖文福,汤葆莎. 2000

[8]杂交狼尾草对草鱼肉脂肪酸组成的影响. 冯德庆,黄勤楼,唐龙飞,钟珍梅,黄秀声. 2008

[9]草鱼-鲢-鲤混养生态系统的EwE模型分析. 董双林,王芳. 2016

[10]草鱼幼鱼生长性状和肌肉成分的遗传参数估计. 傅建军,张猛,沈玉帮,徐晓雁,孙俊龙,李家乐. 2015

[11]草鱼的低盐-高水分冷冻半干制品耐藏性研究. 吴平华,殷俊峰. 2008

[12]硒对草鱼抗氧化功能及组织结构的影响. 苏传福,罗莉,李芹,文华,汪福保. 2008

[13]复合乳酸菌对草鱼的安全性及肠炎病防治的试验效果. 夏磊,范毛毛,杨仲明,张洪玉,肖继琴,齐长宝,彭翔. 2013

[14]草鱼(Ctenopharyngodon idellus)、梭鱼(Liza haematocheila)、黑石斑鱼(Centropristis striata)的营养成分及加工品质比较. 赵睿,娄方瑞,丁福红,马爱军,王婷. 2016

[15]5种鱼类标志对草鱼临界游泳速度的影响. 俞立雄,段辛斌,陈大庆,罗宏伟,刘绍平,高雷. 2017

[16]草鱼天然抗性相关巨噬蛋白基因全长cDNA的克隆与表达分析. 范玉顶,徐进,罗晓松,周勇,肖艺,曾令兵. 2011

[17]草鱼肾细胞中细胞色素P450 3A基因诱导表达及其酶活性分析. 符贵红,杨先乐,喻文娟,胡鲲,章海鑫. 2011

[18]草鱼对碳水化合物利用研究进展. 李婷婷,张爱华. 2015

[19]生物絮团培养过程中养殖水体水质因子及原核与真核微生物的动态变化. 夏耘,邱立疆,郁二蒙,谢骏,王广军,余德光,吉红. 2014

[20]草鱼幼鱼对饲料中钴的需要量. 袁丹宁,文华,蒋明,吴凡,刘太亮,丁俊仁,冷向军. 2009

作者其他论文 更多>>

微信小程序