文献类型： 中文期刊
第一作者： 姚丹
作者： 姚丹;周文才;詹洪平;于瀛龙;贺兴江;万炜;韦小平
作者机构：
关键词： 中华蜜蜂;低温;转录组;参考基因组;发育阶段;PacBio测序
期刊名称： 昆虫学报
ISSN： 0454-6296
年卷期： 2024 年 005 期
页码： 611-621
收录情况： 北大核心 ; CSCD
摘要： [目的]中华蜜蜂Apis cerana cerana是东方蜜蜂Apis cerana在中国地区分布最广泛的亚种,在地理适应和生态多样性方面有显著优势.中华蜜蜂的低温适应性优于西方蜜蜂A.mellifera,可用于高海拔高山地区和冬季蜜源的采集,该性能在生产方面有重要作用,探究中华蜜蜂低温耐受性可有助于优良品系的筛选,为农业经济创造更大价值.[方法]收集分别在常温(25.0±0.2)℃(对照)和低温(4.0±0.2)℃下处理6 h时的中华蜜蜂3,10和21日龄工蜂6组样本,进行转录组二代测序(Illumina RNA-Seq)和全长转录组三代测序(PacBio Iso-Seq),利用二代测序数据对三代测序数据进行校正,基于高质量的测序数据对比NR,NT,Pfam,KOG/COG,Swiss-Prot,KEGG和GO数据库,对新转录本和新基因进行功能注释.[结果]中华蜜蜂工蜂6组样本全长转录组测序分别获得71.17,42.76,58.82,53.45,40.33和42.79 Gb读段,平均N50达到205895 bp,质控后得到164194条一致性序列;通过比对到东方蜜蜂参考基因组可获得21519条新转录本,与中华蜜蜂物质代谢、神经系统和信号转导等密切相关,且不同日龄中华蜜蜂受低温胁迫后,物质代谢、细胞发育、寿命及神经发育等受到影响,同时还鉴定到28647条长链非编码RNA(long non-coding RNA,LncRNA),其中lincRNA和sense_intronic两种类型LncRNA的占比最多,分别为35%和45%.[结论]本研究利用矫正后的中华蜜蜂工蜂PacBio Iso-Seq转录组数据鉴定到大量未注释的新基因和新转录本,并对其进行了功能注释,分析了LncRNA的数量和类型,研究结果完善了东方蜜蜂参考基因组,为中华蜜蜂抗寒机制的探究提供了良好的数据背景.
分类号： S891
- 相关文献
[1]低温胁迫下枇杷不同发育阶段的花果转录组比较分析. 徐红霞,周慧芬,李晓颖,姜路花,陈俊伟. 2021
[2]百香果低温胁迫转录组及茉莉酸代谢基因分析. 韦晓霞,王小安,陈瑾,赖瑞联,吴如健. 2021
[3]低温胁迫下水稻孕穗期幼穗的转录组动态分析. 郭震华,蔡丽君,潘国君,王立楠,周雪松,杜晓东,蔡永盛,张希瑞,韩笑,周通,马文东. 2024
[4]新疆天山雪莲转录组注解知识库. 李锦,严潘瑶,钱飞箭,邱宝义,夏雯雯,牟晓威,邱丽娟,林忠平,陈铭,祝建波,陈贤丰. 2017
[5]棉花耐低温研究进展. 阴祖军,王德龙,王帅,樊伟丽,郭丽雪,叶武威. 2016
[6]基于RNA-Seq挖掘桃低温应答相关基因的研究. 李小兰1,2,郝兰兰1,2,张帆1,王鸿1,2. 2022
[7]近5年马铃薯基因组及重要性状基因研究进展. 巩檑. 2023
[8]基于测序技术的畜禽基因组学研究进展. 梁素芸,周正奎,侯水生. 2017
[9]桑树中的1-脱氧野尻霉素含量变化规律研究. 叶晶晶,殷浩,孙波,施新琴,段祖安,崔为正. 2009
[10]啶菌噁唑对番茄灰霉病菌的抑菌作用研究. 陈凤平,韩平,张真真,刘君丽,刘西莉. 2010
[11]胚胎因素对肉羊胚胎移植效果的影响. 张金龙,张效生,崔茂盛,朱士恩,冯建忠. 2013
[12]麻竹花粉发育过程观察及其分期. 乔桂荣,蒋晶,李海营,陈银,孙宗修,卓仁英. 2010
[13]枸杞果实不同发育阶段主要活性成分变化研究. 刘兰英,康迎春,李晓莺,李越鲲,张曦燕,曹有龙. 2016
[14]三个棉蚜谷胱甘肽-S-转移酶(GST)基因克隆及在不同寄主专化型中的表达分析. 王传鹏,王传鹏,张帅,高雪珂,雒珺瑜,朱香镇,王丽,张开心,杨亦桦,崔金杰. 2020
[15]栽培方式对光敏型高丹草营养成分含量与产量的影响. 何振富,贺春贵,王国栋. 2019
[16]种植密度对光敏型高丹草营养成分及动态变化的影响. 何振富,贺春贵,王国栋,葛玉彬. 2018
[17]密度对七星瓢虫不同虫态生存的影响. 王小强,曹馨月,郑珍蕾,蒲德强,李跃建,房超,蔡鹏. 2019
[18]辣椒疫霉不同发育阶段对氟吗啉的敏感性研究. 何烈干,葛艳丽,马辉刚,陈学军,方荣. 2016
[19]苜蓿盲蝽气味结合蛋白基因Alin-OBP1的克隆及表达谱分析. 张雪莹,张永军,吴孔明,郭予元. 2010
[20]黑腹果蝇和斑翅果蝇肠道可培养的细菌多样性分析. 高欢欢,吕召云,王咏梅,蒋锡龙,苑东鹏,吴新颖,于毅. 2019
作者其他论文 更多>>
-
中国柃木属植物资源概述
作者：李应;詹洪平;万炜;周文才;姚丹;贺兴江;于瀛龙
关键词：中国;五列木科;山茶科;柃木属;蜜源植物
-
贵州蓝莓蜜TaqMan探针实时荧光PCR检测方法的建立与应用
作者：张致豪;孙丽萍;师丰丰;黄家兴;韦小平
关键词：蓝莓蜜;实时荧光PCR;TaqMan探针;蜜源植物
-
紫云县蜂产业发展现状与对策
作者：陈立;詹洪平;姚丹;贺兴江;黎华君;蒋世龙;王登丽
关键词：紫云县;蜂产业;现状与对策
-
仁怀市林下养蜂产业发展制约因素及对策
作者：任慕红;詹洪平;万炜
关键词：林下养蜂;产业发展;效益;制约因素;对策;仁怀
-
基于线粒体t RNAleu~COII和COI的贵州东方蜜蜂群体遗传分析
作者：周文才;李应;姚丹;万炜;詹洪平;黎华君;贺兴江;冉曜琦;于瀛龙;韦小平
关键词：东方蜜蜂;tRNAleu～COII片段;COI片段;遗传多样性;遗传分化;环境因子
-
贵州佛顶山国家级自然保护区东方蜜蜂群体遗传分析
作者：万炜;李应;黎华君;姚丹;于瀛龙;韦小平
关键词：传粉昆虫;遗传多样性;遗传分化;梵净山;佛顶山;雷公山;生态廊道
-
贵州蓝莓蜜营养成分分析
作者：张致豪;王蓓;师丰丰;李应;孙丽萍;韦小平
关键词：蓝莓蜜;成分分析;氨基酸;维生素;矿物质
