基于重测序的不同生态型油梨的全基因组变异及进化分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 葛宇

作者： 葛宇;徐梓宁;马蔚红;刘远征;王步天;刘毅

作者机构：

关键词： 油梨;生态型;全基因组重测序;单核苷酸多态位点;亲缘关系

期刊名称： 热带农业科学

ISSN： 1009-2196

年卷期： 2022 年 011 期

页码： 50-57

摘要： 为揭示不同生态型油梨间的差异，对4份不同生态型油梨进行全基因组重测序，平均测序深度为26×，平均覆盖度为89.39%。通过与参考基因组比对，4份不同生态型油梨平均杂合率为64.26%。除了西印度群岛生态型油梨品种Donnie的杂合率最低（为35.34%）外，剩下3份油梨品种的杂合率均超过70%。单核苷酸多态位点（SNP）数量为3 854 384～6 290 629个，小片段插入与缺失（Small InDel）总数为1 432 406～1 707 608个，这些突变导致了13 864～18 143个基因的变异。KEGG分析表明，淀粉和蔗糖的代谢通路在4份不同生态型油梨中均存在最多的变异基因。聚类分析表明，相对于西印度群岛生态型，危地马拉和墨西哥生态型油梨品种亲缘关系更近。研究结果在一定程度上反映了不同生态型油梨在基因组水平的差异，为分子标记辅助选择育种提供了科学依据。

分类号： S667.9

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