茶树叶型性状的全基因组关联分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 王小萍

作者： 王小萍;王云;熊元元;刘晓;李明红;张厅;赖谦;李春华

作者机构：

关键词： 茶树;SNP标记;叶型;全基因组关联分析

期刊名称： 西南农业学报

ISSN： 1001-4829

年卷期： 2023 年 36 卷 011 期

页码： 2339-2347

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： [目的]发掘与叶型性状关联的SNP位点,为茶树分子标记辅助育种提供参考依据.[方法]对收集于四川本地的91份茶树自然群体开展简化基因组测序(GBS),并利用测序获得的863 468个SNP标记对叶长(YC)、叶宽(YK)、长宽比(CKB)、叶身(YS)、叶色(YSZ)、叶尖(YD)、叶脉对数(YM)和叶缘(YY)8个叶型性状开展基于广义线性模型[GLM(Q)模型]的全基因组关联分析.[结果]在P<0.01条件下,其中6个性状共检测到38个显著SNP位点,分别是叶长(YC)关联到1个,长宽比(CKB)关联到24个,叶色泽(YSZ)关联到6个,叶尖(YD)关联到2个,叶脉对数关联到1个,叶缘关联到4个.38个显著SNP位点对关联性状的解释率为31.37%~60.70%.进一步在显著位点上下游50 kbp区域内进行候选基因挖掘,共得到8个候选基因:CS4011953(Sec11a)、CSA027293(CAD3)、CSA020561(GAE2)、CSA008530(AIM1)、CSA008531(MFP)、CSA008532(AIM1)、CSA008763(CYP72A154)、CSA029592(RABG3F).对候选基因进行GO和KEGG注释,根据注释结果初步预测基因CSA027293(CAD3)与长宽比(CKB)、CSA008763(CYP72A154)与叶色(YSZ)紧密关联.[结论]38个茶树叶型性状显著关联的SNP位点发掘与2个候选基因预测可为茶树调控叶型基因精确定位、分子标记辅助育种提供基因资源和参考依据.

分类号： S571.1

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