鸡MyD88-TIR的同源模建

文献类型： 中文期刊

第一作者： 赵兴旺

作者： 赵兴旺;刘冉冉;郑麦青;文杰;陈继兰;赵桂苹

作者机构：

关键词： 鸡;MyD88-TIR;同源建模;合理性评估

期刊名称： 生物信息学

ISSN： 1672-5565

年卷期： 2011 年 09 卷 04 期

页码： 331-334+338

摘要： 髓样分化因子(MyD88)是Toll受体(TLR)信号通路中的一个关键接头分子,在传递信息和介导炎症反应中具有重要的作用。对鸡MyD88(Myeloid differentiation primary response protein MyD88)的TIR(Toll-interleukin1-resistance)区域进行同源建模,并评估其可用性,为进一步研究MyD88与TLR(Toll receptor)相互作用的原理奠定基础。通过结构域分析、模板相似性搜索和序列比对、初始建模、精修和动力学优化,立体化学结构和能量合理性评估,获得未知三维结构的鸡MyD88-TIR三维模型。结果表明,鸡MyD88包含DEATH和TIR两个结构域,所模拟的MyD88-TIR三维模型二面角构象和氨基酸能量分布以及主侧链立体化学特性合理。

分类号： S831

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