基于"宁芯3号"基因组育种芯片和机器学习的大黄鱼种质资源精准鉴定
文献类型: 中文期刊
第一作者: 赵吉
作者: 赵吉;冯苗胜;柯巧珍;王家迎;江汀森;吴雄飞;彭士明;白玉麟;沈伟良;周涛;濮菲;徐鹏
作者机构: 厦门大学海洋与地球学院;宁波市海洋与渔业研究院;中国水产科学研究院东海水产研究所
关键词: 大黄鱼;宁芯3号;种质鉴定;机器学习
期刊名称: 水产学报
ISSN: 1000-0615
年卷期: 2024 年 48 卷 012 期
页码: 28-39
收录情况: 北大核心 ; CSCD
摘要: 为了高效保护、管理以及利用大黄鱼种质资源,迫切需要开发精准的大黄鱼遗传种质鉴定技术.基于前期开发的大黄鱼"宁芯 3 号"55K液相基因分型芯片,本研究对中国沿海野生群体、闽浙养殖群体和多个选育系共计 21 个大黄鱼群体进行遗传种质鉴定.群体遗传学分析结果揭示大黄鱼群体可划分为南海群体、闽东群体和岱衢群体,其中南海群体遗传分化最为显著.基于机器学习的大黄鱼群体分类结果显示,未知大黄鱼个体所属地理群体鉴定准确率大于99%.未知大黄鱼个体所属遗传改良选育系也具有极高的鉴定准确率,例如经过 3 代选育的抗刺激隐核虫新品系GS3F3,基于神经网络的鉴定精确率可以达到99%.研究表明,利用"宁芯 3 号"芯片和机器学习方法可快速实现大黄鱼种质的精准鉴定.本研究为大黄鱼种质资源精准鉴定和种质管理、育种材料和新品种知识产权保护等提供了有效的工具和解决方案,也可为其他水产生物种质资源鉴定提供借鉴.
分类号: S917.4%TP181
- 相关文献
[1]甜瓜种质鉴定的高效引物(引物组合)适用性分析. 王掌军,王建设,刘生祥,蒋全熊,张晓岗,马宏玮. 2012
[2]微卫星标记在鲟鱼分子遗传学研究中的应用. 刘伟,孔杰,王霞. 2017
[3]分子标记在鱼类中的应用研究进展. 孔杰,王金乐,关梅,杨兴. 2012
[4]利用SSR分子标记构建Y58S及部分重要两系杂交水稻亲本的DNA指纹图谱. 邓启云,周丽洁,朱校奇,陈春光,庄文,金德敏,王斌. 2008
[5]基于火龙果转录组测序的SSR标记开发及种质亲缘关系分析. 杨仕美,乔光,毛永亚,杨鹍,文晓鹏. 2018
[6]蚕豆蛋白质亚基分析与特异种质鉴定. 刘玉皎,侯万伟,石建斌. 2012
[7]4个虹鳟养殖品系的分子鉴定和遗传多样性分析. 徐浩,鲁翠云,郭薇,孙效文. 2013
[8]基于SSR标记的浙江地方柚类种质资源遗传关系分析. 刘冬峰,陈巍,林绍生,徐文荣,郭秀珠,黄品湖. 2017
[9]贵州省玉米地方种质资源现状与利用潜力. 柏光晓,任洪. 1998
[10]新疆赛里木湖3种引进白鲑鱼类的DNA条形码分析. 常玉梅,孙博,苏宝锋,梁利群,侯玉军. 2018
[11]施氏鲟、西伯利亚鲟、达氏鳇及其杂交种种质鉴定方法的建立及其应用. 孔杰,李世凯,王金乐,曾诗雨,刘霆. 2020
[12]罗非鱼微卫星DNA指纹图谱的构建. 宋红梅,白俊杰,叶星,全迎春,李胜杰. 2009
[13]广西南瓜属地方资源遗传多样性分析与鉴定评价. 刘文君,陈宝玲,周建辉,张曼,周艳霞,万正林,张力,钟玉娟,黄孙答,陈振东. 2022
[14]中国板栗种质资源的AFLP分析. 兰彦平,周连第,姚研武,王尚德,刘国彬. 2010
[15]达氏鲟幼鱼形态特征及其同工酶电泳分析. 张涛,周剑光,吴金平,陈建武,何力. 2018
[16]SSR分子标记在作物种质资源鉴定中的应用. 王燕龙,姜言生,曲志才,单雷. 2012
[17]分子标记技术在荔枝研究中的应用. 曾淇,昝逢刚,李明芳,郑学勤. 2009
[18]基于黄瓜基因组重测序的InDel标记开发及其应用. 李斯更,沈镝,刘博,邱杨,张晓辉,张忠华,王海平,李锡香. 2013
[19]橡胶草转录组SSR信息分析与标记开发. 甘霖,吴景,杨玉双,张继川,覃碧,王学卓,刘实忠. 2019
[20]SCoT分子标记在茶树育种中的应用研究进展. 翟秀明,唐敏,邬秀宏,张军,侯渝嘉. 2018
作者其他论文 更多>>
-
不同用量有机肥和生物菌肥配施对设施番茄土壤性能和品质的影响
作者:许泽华;马军;李百云;郭鑫年;邢润东;周涛
关键词:番茄;有机肥;生物菌剂;土壤;品质
-
海7124选育过程溯源及主要性状分析
作者:金林;徐鹏;郭琪;徐珍珍;沈新莲
关键词:海7124;海岛棉;选育;溯源;性状特征
-
不同抗流能力大黄鱼组织抗氧化能力、肌肉超微结构及相关基因表达的比较研究
作者:张静静;王亚冰;乔光德;王倩;韩多彩;彭士明
关键词:大黄鱼;抗流能力;组织结构;抗氧化酶;基因表达
-
马夫鱼室内人工育苗试验
作者:岳彦峰;蒋科技;彭士明;叶丙聪;王孝杉
关键词:
-
葫芦岛地区中药材产业发展及装备需求分析
作者:徐鹏
关键词:中药材;机械化;中医药;问题;需求;效益
-
荷斯坦奶牛初乳与常乳代谢物差异分析
作者:周涛;付力立;罗正中;马莉;杜振隆;姚学萍;沈留红;余树民;严作廷;曹随忠
关键词:奶牛;代谢组学;牛初乳;牛常乳;代谢物
-
奶牛酮病早期预警技术的研究进展
作者:杜振隆;罗正中;周涛;曹随忠;严作廷
关键词:奶牛;酮病;机器学习;代谢组学;疾病预警