草鱼Ⅰ型胶原蛋白α1基因cDNA全序列克隆、组织分布及其生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 刘邦辉

作者： 刘邦辉;郁二蒙;王广军;余德光;谢骏;王海英;龚望宝

作者机构：

关键词： 草鱼;Ⅰ型胶原蛋白;COL1A1;组织分布;生物信息学

期刊名称： 水产学报

ISSN： 1000-0615

年卷期： 2012 年 36 卷 06 期

页码： 52-61

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 利用PCR和RACE方法首次克隆了编码草鱼肌肉Ⅰ型胶原蛋白的α1基因(COL1A1)的cDNA全长序列,为5772bp,其开放阅读框为4347bp,编码1448个氨基酸。BLAST同源性分析结果显示,草鱼COL1A1基因的氨基酸序列与斑马鱼、金鱼同源性较高,分别为93.90%和93.60%,呈现出较高的保守性。系统进化树分析表明,该基因与斑马鱼、金鱼处于同一支,亲缘性最近。生物信息学分析显示,草鱼COL1A1蛋白质的相对分子质量为137.2ku,理论等电点是5.44,为α螺旋β折叠三重螺旋结构蛋白。有18段三重螺旋重复域,22段低复杂度域,17个功能域。COL1A1蛋白有33～69,1249～1355两个绑定钙的区域和62～104一个绑定锌的区域。利用半定量RT-PCR方法检测的组织表达结果表明,COL1A1基因在草鱼肌肉、肠道、肝胰脏、鳃、皮肤、鳍条、肾脏和脾脏8个组织中均有表达,其中在皮肤、鳃、肾脏、鳍条组织中的mRNA表达量高于其他4个组织(P<0.05)。

分类号： S917.4

  • 相关文献

[1]草鱼和赤眼鳟nanos2基因的克隆与表达特征分析. 黄玲,叶欢,岳华梅,侯彦岭,屈紫玲,阮瑞,李创举. 2024

[2]尼罗罗非鱼γ-干扰素基因的克隆、结构分析及组织表达. 余嘉欣,吴芳,孙成飞,董浚键,田园园,叶星. 2017

[3]草鱼MyoD基因内含子和启动子的克隆与分析. 陈静,樊佳佳,何吉祥,黄龙,宋光同,吴本丽,汪翔,武松. 2017

[4]PV法免疫组织化学检测豚鼠牙齿中Ⅰ型胶原蛋白的分布. 韩天龙,王敏. 2012

[5]3家系成骨不全基因突变及临床表型分析. 辛世杰,徐雪姣,毛会英,熊丰,朱岷. 2017

[6]COL1A1和COL1A2基因生信分析及其在梅花鹿不同组织中的表达谱. 杨远青,廖朝美,杨红,王正刚,袁超,杨洋,周明帅,赵佳福. 2024

[7]猪流感病毒SYBR GreenⅠ定量RT-PCR检测方法的建立及应用. 张鹏超,师小潇,哈卓,刘永杰,刘惠莉. 2010

[8]猪带绦TSOL18重组蛋白抗原在小鼠体内的分布及毒性. 冯金瑞,刘立军,姚兴海,娄志波,孙晓林,骆学农. 2009

[9]嗜水气单胞菌在浸泡感染团头鲂的组织动态分布. 陆春云,谢骏,习丙文,梁利国,夏飞,潘良坤. 2015

[10]异育银鲫各组织器官中细胞色素P450药酶活性的比较. 贾娴,胡琳琳,房文红,汪开毓,胡晓. 2011

[11]强力霉素在斑点叉尾(鲴)体内药物动力学及残留消除规律研究. 丁俊仁,艾晓辉,汪开毓,刘永涛,袁科平,袁丹宁. 2012

[12]粪肠球菌累积对虾夷扇贝免疫酶活性的影响. 李斌,陈碧鹃,齐占会,方建光,廉伟,任仲,王丽丽. 2011

[13]鸽β-防御素1基因的克隆及其生物学作用鉴定. 李妍妍,徐杨,张婷婷,徐倩倩,韩宗玺,刘胜旺,马得莹. 2014

[14]重组大肠杆菌不耐热肠毒素B亚单位在鸭体内的吸收代谢及组织分布. 周晓丽,王一成,姜平,袁秀芳,李军星,杜晓莉. 2014

[15]团头鲂促肾上腺皮质激素释放激素受体基因序列特征及表达分析. 陈凯,习丙文,滕涛,王亚冰,高金伟,梁利国,谢骏. 2016

[16]猪Lipin基因克隆及其组织分布的研究. 鲁维飞,王静,李宏基,郭豫杰,李奎,杨国宇. 2013

[17]泰国斗鱼抗缪勒氏管激素(AMH)基因cDNA克隆及表达. 陈华谱,洪广,刘燕华,贺超,王晓玲,吴静娴,朱春华,李广丽. 2017

[18]泰国斗鱼igf2基因cDNA的克隆及表达分析. 陈华谱,杨尉,王耀嵘,徐志辉,黄海,李广丽. 2018

[19]西伯利亚鲟热休克蛋白HSP70cDNA的克隆、序列分析和组织分布. 田照辉,徐绍刚,王巍,胡红霞,董颖,宋超. 2012

[20]虹鳟PPARα基因克隆、序列分析及其组织表达分布. 贾成霞,张照斌,张清靖,刘盼,朱华. 2012

作者其他论文 更多>>

微信小程序