柴胡转录组SSR的分布及序列特征分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 刘迪

作者： 刘迪;欧阳艳飞;徐鹏;甄军波;刘琳琳;张利超;迟吉娜

作者机构：

关键词： 柴胡;转录组;SSR;分布;序列特征

期刊名称： 南方农业学报

ISSN： 2095-1191

年卷期： 2022 年 003 期

页码： 676-683

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 【目的】分析柴胡转录组中SSR的分布及序列特征，为开发多态性良好的、功能基因相关的SSR标记提供理论依据。【方法】以不同温度处理的柴胡种子为材料，经高通量转录组测序后，使用Trinity对测序结果进行de novo组装，并利用MISA对组装得到的Unigenes进行SSR位点搜索，最后统计分析SSR的分布及序列特征。【结果】从转录组数据组装获得244194条Unigenes，其N50值为1036 bp，平均长度791 bp，总长度193138105 bp。从Unigenes序列中共检测到50303个SSR位点，去除20405个复合型SSR位点，以29898个单一型SSR位点为后续分析对象。转录组SSR的出现频率为12.24%，平均分布距离6.46 kb，主要重复基元类型为二核苷酸，共17105个，占SSR总数的57.21%，其次为三核苷酸和单核苷酸，分别占SSR总数的20.75%和20.46%，四核苷酸～六核苷酸重复基元数量均较少。转录组SSR中，共有97种重复基元，其中二核苷酸和三核苷酸重复基元分别以AT/AT和ATC/GAT为主，分别占SSR总数的33.33%和3.98%；重复次数5～10次的SSR位点数量最多，共27942个，占SSR总数的93.46%。转录组SSR序列长度存在明显差异（12～76 bp），平均长度15.28 bp。【结论】柴胡转录组的SSR位点出现频率较高，类型较丰富，具有开发出高多态性SSR分子标记的潜力，将其用于柴胡的遗传多样性分析、种质资源评价及分子标记辅助育种等研究。

分类号： S567.79

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