基于RAD-seq简化基因组测序估算狼山鸡分子亲缘系数和近交系数

文献类型： 中文期刊

第一作者： 曹愉夏

作者： 曹愉夏;韩威;李国辉;邹剑敏;薛倩;张会永;殷建玫;朱云芬;苏一军;王克华

作者机构： 中国农业科学院家禽研究所国家级地方鸡种基因库

关键词： 狼山鸡;简化基因组测序;分子亲缘系数;分子近交系数

期刊名称： 中国家禽

ISSN： 1004-6364

年卷期： 2019 年 010 期

页码： 14-19

收录情况： 北大核心

摘要： 为准确度量狼山鸡保种群体的近交统计量,并比较不同算法在近交统计量度量中的可靠性,研究以国家级地方鸡种基因库保存的狼山鸡为研究对象,通过RAD-seq简化基因组测序获得高密度SNP信息,并计算两种分子亲缘系数(kin1和kin2)和四种分子近交系数(FROH、FGRM、FHOM和FUNI).结果表明:kin1对系谱记录中全同胞、半同胞的检出率较高(93/117);FGRM、FHOM和FUNI三种分子近交系数两两之间极显著相关(P<0.01),FROH(FROH>100、FROH>1 000和FROH>3 000)与FGRM、FHOM和FUNI的相关系数较低,仅FROH>100与FHOM达到极显著正相关(P<0.01).基于高密度SNPs估算的kin1为较准确的狼山鸡分子亲缘系数,可用于狼山鸡保种群的系谱校正;高密度SNP标记有利于检测到短的ROH,同时提高FROH与FGRM、FHOM和FUNI的正相关性.

分类号： S831.2

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