艾草转录组SSR、SNP和InDel特征分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 阴志刚

作者： 阴志刚;陈培育;周晓静;曹双;鞠乐;粱慧珍

作者机构：

关键词： 艾草;转录组;SSR;SNP;InDel

期刊名称： 种子

ISSN： 1001-4705

年卷期： 2025 年 44 卷 006 期

页码： 51-57

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为了解艾草转录组中分子标记分布特征,开发艾草特异性分子标记,基于艾草叶、根转录组数据,使用MicroSA-tellite、STAR软件对其SSR、SNP、InDel分子标记位点进行发掘和特征分析.结果表明,从249 554条Unigenes中发掘出各种类型SSR位点21 980个,发生频率为8.04%,SSR重复基元类型以单碱基重复位点数量最丰富,五碱基重复基元类型最少,优势重复基元为A/T、AC/GT、GA/TC,其中A/T为最主要的基元类型,出现频率为3.547%.SSR各类重复基元重复次数在4~75次之间,且以单碱基重复次数最为广泛,SSR序列长度在12~99 bp之间.12个转录组样品中,有228 066~275 556个SNP位点,平均每个样品含有247 114个SNP位点,转换、颠换类型比值均在1.78左右,InDel位点数量介于30 729~41 330个之间,每个样品平均含有33 967个InDel位点.艾草转录组分子标记位点丰富,为艾草分子标记开发、品种鉴定、遗传多样性分析、抗旱功能基因的筛选提供数据支撑.

分类号： Q943.2

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