简单回归尺度转换实现半滑舌鳎性逆转基因的高效定位

文献类型： 中文期刊

第一作者： 黄岩

作者： 黄岩;宋禹昕;蒋丽;杨润清

作者机构：

关键词： 全基因组关联分析;半滑舌鳎;性逆转;主成分;尺度转换;简单回归模型;广义线性回归模型

期刊名称： 中国水产科学

ISSN： 1005-8737

年卷期： 2022 年 002 期

页码： 245-251

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 在间断性状全基因组关联分析中,当基因组数据存在复杂群体分层时,广义线性模型需要同时考虑上百个协变量,其求解速度会大大下降而且还会产生异常解。本研究目的是把简单回归结果中显著位点的效应值和遗传力的尺度转化为可解释的广义线性回归结果。首先对亲缘关系矩阵进行谱分解,特征向量作为主成分（PC）,矫正间断性状中的群体分层;再求解每一个主成分的回归系数,并将众多协变量与其各自的回归系数相乘,得到的乘积合并为一个新的协变量;然后将它作为简单回归的协变量,逐个对标记进行关联检验;最后对筛选获得的候选数量性状核苷酸（QTN）进行广义线性模型回归分析,将效应和方差转化为广义线性回归模型尺度。采用本研究提出的方法与直接考虑主成分的广义线性回归模型,分别对半滑舌鳎（Cynoglossus semilaevis）的性逆转性状进行全基因组关联分析,结果表明，本研究方法的QTN检测效率更高，共检测出6个QTN，其中5个QTN位于Z染色体上，1个QTN位于W染色体上，并且在基因组控制方面，本研究方法的基因组控制值与直接考虑PC的广义线性回归模型的基因组控制值相同，均为1.01，处于较优水平。结论认为,基于主成分分析的简单回归尺度转换方法能够在保证准确率的情况下提升QTN的检测效率,实现间断性状快速稳健的全基因组关联分析,同时检测出的QTN能为半滑舌鳎性逆转性状的研究提供理论指导。

分类号： S917.4

  • 相关文献

[1]采用期望最大化算法的半滑舌鳎性逆转性状高效遗传解析. 宋禹昕,常中宇,高进,赵云峰,杨润清,蒋丽. 2024

[2]半滑舌鳎性逆转的遗传特性研究. 宋超,蒋丽,王景伟,李晓芳,李耕,张晓慧,王书,刘哲,李恒德. 2015

[3]PROSAIL冠层光谱模型遥感反演区域叶面积指数. 李淑敏,李红,孙丹峰,周连第. 2009

[4]草地遥感估产中不同尺度信息源关联方法对比及评价. 陶伟国,徐斌,缪建明,杨秀春,覃志豪. 2006

[5]区域农业灌溉用水量预测研究进展. 常迪,齐学斌,黄仲冬. 2017

[6]恢复演替中草地斑块动态及尺度转换分析. 辛晓平,徐斌,单保庆,李建东,杨允菲. 2000

[7]虾夷扇贝不同性别类型2个Dmrt基因DM结构域分析. 周丽青,杨爱国,王清印,郑利兵,刘志鸿,侯丫,郑言鑫. 2015

[8]大亚湾黑鲷繁殖特征的生物学研究. 陈得仿,王腾,刘永,肖雅元,王九江,李纯厚. 2019

[9]四指马鲅性逆转过程初步研究. 蓝军南,区又君,温久福,李俊伟,牛莹月,李加儿. 2020

[10]性逆转技术在国外水产养殖中的应用. 周一红,施兆鸿. 1993

[11]虹鳟单性养殖技术研究(一)虹鳟鱼激素营养法单性化养殖. 王丙乾,王昭明. 1991

[12]LncRNA 54770.30在黄鳝(Monopterus albus)组织及性腺中表达特征分析. 夏雪平,连子童,田海峰,李忠,孙敬锋,胡乔木. 2023

[13]17α-甲基睾酮对大口黑鲈生长及性腺发育的影响. 周家辉,杜金星,姜鹏,邵嘉棋,白俊杰,李胜杰. 2021

[14]繁殖期雌雄同体虾夷扇贝生殖腺组织学观察. 周丽青,杨爱国,王清印,郑言鑫,刘志鸿,吴彪,孙秀俊,郑利兵. 2014

[15]基于主成分分析法建立鸡日龄的评估模型. 沈洁,曲道峰,韩剑众. 2014

[16]柞蚕主要性状主成分聚类分析与综合评价. 徐亮,孟宪民,戚俐,焦阳,钟亮. 2018

[17]玉米自交系性状的聚类分析. 印志同,薛林,邓德祥,卞云龙,陈国清,陆虎华,黄小兰,石明亮,杨水英. 2004

[18]15个柞蚕杂交组合部分数量性状主成分的评估分析. 徐亮,孟宪民,戚利,刘凤云,宿桂梅,焦阳. 2009

[19]22个玉米杂交组合农艺性状的主成分和动态聚类分析. 倪正斌,朱俊凯,王陈燕,孙红芹,万林生,孙明法. 2017

[20]贵州玉米杂交组合的主成分分析. 黄经菊,郑常祥,陈柔屹,陈发波,陈发辉. 2009

作者其他论文 更多>>

微信小程序