褐飞虱EST资源的微卫星信息分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 刘玉娣

作者： 侯茂林

作者机构：

关键词： 褐飞虱;生物信息学;表达序列标签;EST-SSRs;查找标准;重复基元

期刊名称： 昆虫学报

ISSN： 0454-6296

年卷期： 2010 年 53 卷 03 期

页码： 239-247

收录情况： 北大核心

摘要： 表达序列标签(expressed sequence tags,ESTs)是开发微卫星标记的一个重要的资源。褐飞虱Nilaparvata lugens(Sta°l)EST序列的公布为开发EST-SSRs提供了宝贵的数据资源,本研究利用生物信息学对NCBI公共数据库中的37398条褐飞虱ESTs序列进行EST-SSRs特征分析,得到全长为7619.324kb的无冗余EST9852条。按照3个不同的查找标准在这些序列中搜索SSR。查找结果显示:褐飞虱EST-SSRs主要重复基元以1～3碱基为主,占总EST-SSR的95%以上。在单碱基重复基元中,A/T是占优势的重复基元,在二相重复类型中,AG/CT重复基元出现的频率最多,而AAG/CTT是三相重复中占绝对优势的重复基元。在褐飞虱EST-SSRs中未查找到GC重复基元。以100bp为参照,在3种查找标准下含有SSR的EST序列中两端侧翼序列均≥100bp的序列分别为738,89和42个。通过分析褐飞虱EST-SSRs标记可以为褐飞虱和近缘种的SSR标记的开发提供信息,同时通过分析褐飞虱EST-SSRs的分布频率和分布特征可以为昆虫EST-SSRs的研究提供借鉴和参考。

分类号： S433

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