COL1A1和COL1A2基因生信分析及其在梅花鹿不同组织中的表达谱

文献类型： 中文期刊

第一作者： 杨远青

作者： 杨远青;廖朝美;杨红;王正刚;袁超;杨洋;周明帅;赵佳福

作者机构：

关键词： COL1A1;COL1A2;梅花鹿;组织表达;生物信息学分析

期刊名称： 西南农业学报

ISSN： 1001-4829

年卷期： 2024 年 003 期

页码： 656-663

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 【目的】探明COL1A1（Collagen type I alpha 1 chain, I型胶原蛋白α1链）和COL1A2（Collagen type I alpha 2 chain, I型胶原蛋白α2链）基因在梅花鹿不同组织中的表达谱，解析其对梅花鹿组织发育的影响，为影响梅花鹿重要经济性状的候选基因筛选提供依据。【方法】采用RT-qPCR方法检测COL1A1和COL1A2基因在雄性梅花鹿心脏、肝脏和脾脏等16个组织器官中的表达水平；结合NetPhos 3.1、Motif Search和ProtParam等系列软件预测分析COL1A1和COL1A2基因的生物信息及其在梅花鹿不同组织中的表达谱，并在此基础上构建COL1A1和COL1A2氨基酸序列的系统发育进化树。【结果】COL1A1和COL1A2基因CDS区分别编码1463和1364个氨基酸，理论PI分别为5.60和9.19,COL1A1和COL1A2均是一种具有信号肽和磷酸化位点的亲水性稳定蛋白质；二者蛋白二级及三级结构均以无规则卷曲构成；与其他动物相比，鹿COL1A1和COL1A2基因均与反刍动物山羊、绵羊和牛的同源性最高，其中，鹿COL1A1基因与山羊、牛、绵羊的同源性分别为99.5%、99.5%和99.2%,鹿COL1A2基因与牛、绵羊、山羊的同源性分别为99.1%、99.0%和98.9%,亲缘关系最近。RT-qPCR结果显示，COL1A1和COL1A2基因在梅花鹿不同组织中均有表达，其中COL1A1基因在心脏、背最长肌和腿肌中的表达较高，显著高于其他组织，COL1A2基因在心脏、肝脏、肾脏和瓣胃中的表达较高，均显著高于其他组织；此外，COL1A1在肌肉组织中的表达较高，COL1A2较低；二者在其余组织中的表达具有一高一低，相互协同的作用趋势。【结论】COL1A1和COL1A2可能通过相互协同共同维持组织结构及组织发育，相关结果为后续深入研究COL1A1和COL1A2影响梅花鹿生长发育奠定基础。

分类号： S825

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