西瓜抗枯萎病相关EST-SSR的信息分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 冯建明

作者： 冯建明;郭绍贵;吕桂云;陈年来;张海英;宫国义;许勇

作者机构：

关键词： 西瓜;枯萎病;EST;SSR

期刊名称： 华北农学报

ISSN： 1000-7091

年卷期： 2009 年 24 卷 03 期

页码： 91-95

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 对西瓜枯萎病菌生理小种1诱导的抑制差减杂交cDNA文库测序获得的4 000条EST进行分析,经过前处理后拼接得到1 487条unigene序列,全长为759 kb。在其中978条unigene序列中共检索出2 136个EST-SSR,出现频率为53.4%。EST-SSR的平均分布距离和平均长度分别是1/0.36 kb、19.59 bp。EST-SSRs中的重复单元以二核苷酸和三核苷酸重复为主,二者在总EST-SSRs中的出现频率为98.08%。GA/TC和GAA/TTC是二、三核苷酸中的优势重复类型,分别占二、三核苷酸重复的25.78%和12.97%。西瓜抗枯萎病相关EST资源的SSR信息分析为进一步建立西瓜EST-SSR标记和探索其在西瓜基因组学研究中的应用奠定了基础。

分类号： S436.5

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