口蹄疫病毒基因组3'末端序列扩增及分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 李金娜

作者： 李金娜;苗书魁;马文戈;魏玉荣;汪萍;夏俊;陆桂丽;米晓云;沙依兰·卡依扎;王延;魏婕;黄炯

作者机构：

关键词： 口蹄疫病毒;基因组;3'末端;Poly(A)

期刊名称： 新疆农业科学

ISSN： 1001-4330

年卷期： 2018 年 55 卷 11 期

页码： 2150-2156

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 【目的】扩增口蹄疫病毒(Foot-and-mouth disease virus,FMDV)O/Akesu/58 CE39A株基因组3'末端序列,并对其核苷酸序列进行分析,为FMDV反向遗传学研究奠定基础。【方法】采用普通PCR法和3'RACE法扩增FMDV基因组3'末端序列,利用分子生物学软件对该序列进行分析。【结果】扩增了口蹄疫病毒基因组3'末端序列,3'UTR长98 nt,Poly(A)长度不同(19、23、24、25、27、29、43)。3'UTR序列二级结构含有2个茎环结构,分别位于8 101～8 140和8 146～8 190 nt。O/Akesu/58 CE39A株3'UTR序列与参考毒株O/MAY/3/2014(GenBank登录号:KY322672)和O/IND26(54)/2014(GenBank登录号:KJ825807)的核苷酸序列同源性最高,均为89.8%。【结论】普通PCR法和3'RACE法均可扩增出3'末端序列。同一毒株的亚克隆,其Poly(A)长度与基因扩增时所用方法有关。不同毒株的Poly(A)长度不同,可能是毒株本身属性,也有可能是由扩增方法不同造成。Poly(A)要么扩增成功后其长度不同,要么扩增失败。失败的原因可能是3'末端结构复杂,难于扩增。

分类号： S852.65

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