采样方法对冷鲜鸡表面细菌DNA提取及高通量测序结果的影响

文献类型： 中文期刊

第一作者： 肖英平

作者： 肖英平;何祥祥;戴宝玲;桂国弘;唐标;杨华

作者机构：

关键词： 冷鲜鸡;菌群结构;涂抹法;冲洗法;高通量测序

期刊名称： 食品科学

ISSN： 1002-6630

年卷期： 2017 年 24 期

页码： 260-264

收录情况： EI ; 北大核心 ; CSCD

摘要： 目的:比较涂抹法和冲洗法对冷鲜鸡表面细菌DNA提取及高通量测序结果的影响。方法:将4只冷鲜鸡对半分开,分别采用涂抹法和冲洗法采集其表面微生物,提取基因组DNA,对细菌16S rRNA基因V3~V4区进行聚合酶链式反应扩增,通过Illumina Hiseq测序平台对扩增产物进行高通量测序,使用QIIME等软件对测序序列进行分析统计。结果:两种方法采集的样品在细菌基因组DNA提取、菌群丰富度、多样性及菌群结构等方面均无显著差异(P>0.05)。高通量测序结果表明,冷鲜鸡表面细菌菌群主要分布于7个门,10个属。变形菌门为优势菌门,占70%以上;希瓦氏菌属、假单胞菌属、不动杆菌属、嗜冷杆菌属和环丝菌属为优势菌属,分别占10%~20%。结论:两种采样方法对冷鲜鸡表面细菌DNA提取及高通量测序没有明显影响,但冲洗法比涂抹法简单易行,且不易发生二次污染,因此更具有实用性。本实验同时也为冷鲜鸡表面细菌的研究提供了数据资料。

分类号： TS251.55

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