猪流行性腹泻病毒CH/SCJY/2022株的分离鉴定及遗传进化分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 吴学婧

作者： 吴学婧;于吉锋;肖璐;毛从剑;叶勇刚;曾凯;潘梦;谢晶;曹冶;李兴玉;林毅;叶健强;张先惠;魏勇;青易;康润敏

作者机构：

关键词： 猪流行性腹泻病毒;全基因组测序;同源性分析;遗传进化分析;分离;鉴定

期刊名称： 黑龙江畜牧兽医

ISSN： 1004-7034

年卷期： 2024 年 018 期

页码： 64-74,133

收录情况： 北大核心

摘要： 2022年四川省简阳地区某规模化猪场仔猪发生严重腹泻甚至死亡，疑似猪流行性腹泻病毒（Porcine epidemic diarrhea virus, PEDV）感染。为确定病原并了解其遗传进化特征，试验无菌采集病死腹泻仔猪小肠组织样本，提取RNA后采用RT-PCR方法对病原进行检测，并对病毒进行分离和半数组织培养感染剂量(TCID50)测定、间接免疫荧光试验、全基因组测序和遗传进化分析。结果表明：腹泻仔猪小肠组织样本为PEDV阳性，小肠组织过滤上清液接种Vero细胞盲传至第3代出现致细胞病变效应（cytopathic effect, CPE）,盲传至第9代时出现稳定的CPE,第9代病毒液的TCID50为1×10-5.2/0.1 mL;在以鼠源抗PEDV-S蛋白单克隆抗体为一抗、FITC标记的羊抗鼠IgG为二抗的间接免疫荧光试验中，接种分离毒株的Vero细胞呈现特异性绿色荧光，未接种分离毒株的Vero细胞无特异性绿色荧光。将分离毒株命名为CH/SCJY/2022。经PCR分段扩增、测序、拼接后得到CH/SCJY/2022株全基因组序列，大小为28 038 bp。CH/SCJY/2022株S基因、ORF3基因、M基因、N基因与参考毒株（CV777、AJ1102、LW/L、virulent DR13、LZC）核苷酸相似性分别为93.11%～97.71%、95.41%～98.37%、96.62%～98.09%、94.72%～96.38%。CH/SCJY/2022株全基因组序列与30株PEDV参考毒株核苷酸相似性为96.0%～98.9%,其中与强毒变异株YC2014的相似性最高（98.9%）,与韩国毒株SM98的相似性最低（96.0%）,与疫苗毒株CV777、AJ1102的相似性分别为96.4%和98.3%。基于全基因组序列构建的遗传进化树中可见CH/SCJY/2022株与CH/SCZY103/2017位于同一小分支，亲缘关系最近，属于GⅡb基因亚群；与疫苗毒株LW/L、AJ1102、XJ-DB2、CV777、attenuated DR13的亲缘关系较远。与参考毒株（attenuated DR13、LW/L、CV777、AJ1102、XJ-DB2）相比，CH/SCJY/2022株S蛋白氨基酸序列存在6处特有的氨基酸位点突变，分别为N139D、I289M、R492K、F541L、L1000M、S1080L。说明试验成功从该养猪场腹泻仔猪小肠组织样本中分离鉴定到1株PEDV GⅡb亚群变异株，并获得了该毒株的全基因组序列，具有独特的分子特征。

分类号： S852.651

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