我国甘薯E病毒全基因组序列特征及荧光定量检测技术的建立

文献类型： 中文期刊

第一作者： 唐伟

作者： 唐伟;张成玲;杨冬静;马居奎;陈晶伟;高方园;谢逸萍;孙厚俊

作者机构：

关键词： 甘薯;甘薯E病毒;全基因组;系统进化分析;qPCR检测

期刊名称： 中国农业科学

ISSN： 0578-1752

年卷期： 2023 年 56 卷 020 期

页码： 4010-4020

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： [目的]甘薯E 病毒(sweet potato virus E,SPVE)是甘薯上新发现的一种病毒.本研究对我国甘薯E 病毒江苏徐州分离物(SPVE-XZ)的全基因组序列进行测定,分析该病毒基因组序列特征,并建立针对SPVE 的荧光定量(quantitative PCR,qPCR)检测技术,为监测SPVE发生分布、检测种薯种苗中SPVE 带毒情况并及时防控该病毒提供理论依据和技术支持.[方法]采用small RNA 深度测序,结合RT-PCR 和RACE 技术,获得SPVE-XZ 的全基因组序列,利用MegAlign、MEGA11 等软件对获得的全基因组序列进行序列比对、系统发育关系分析.设计SPVE 荧光定量检测引物,并通过对退火温度及引物浓度的优化,建立针对SPVE 的qPCR 检测方法,测定其特异性和灵敏度,应用于江苏省和山东省田间甘薯样品的检测.[结果]除ploy(A)外,所获得的SPVE-XZ全基因组序列全长为10 919 nt,包含1 个长为10 560 nt 的开放阅读框(open reading frame,ORF),编码3 519 aa 的多聚蛋白.5'非翻译区(5'untranslated region,5'UTR)和3'非翻译区(3'UTR)分别为129 和230 nt.在P1 和P3 蛋白内分别包含由移码产生的PISPO 和PIPO 蛋白.全基因组序列分析表明,SPVE-XZ 与韩国SPVE GS分离物(SPVE-GS)全基因组核苷酸一致率最高,为98.6%,多聚蛋白氨基酸一致率为98.5%.利用邻接法基于cp基因核苷酸序列和多聚蛋白氨基酸序列构建的系统进化树发现,SPVE-XZ 与SPVE-GS 均聚类在一起.建立的SPVE 荧光定量检测体系可检测到SPVE,而甘薯病毒2(sweet potato virus 2,SPV2)、甘薯C 病毒(sweet potato virus C,SPVC)、甘薯G病毒(sweet potato virus G,SPVG)、甘薯羽状斑驳病毒(sweet potato feathery mottle virus,SPFMV)、甘薯褪绿矮化病毒(sweet potato chlorotic stunt virus,SPCSV)、甘薯潜隐病毒(sweet potato latent virus,SPLV)、甘薯褪绿斑病毒(sweet potato chlorotic fleck virus,SPCFV)、黄瓜花叶病毒(cucumber mosaic virus,CMV)均未能检测到;灵敏度可达3.12 × 102 copies/μL,是常规PCR 100 倍.应用建立的qPCR 检测方法,在山东省采集的6 个样品和江苏省采集的52 个样品中,分别在1 个样品和13 个样品中检测到SPVE.[结论]SPVE-XZ 的全基因组大小为10 919 nt,与韩国SPVE-GS 基因组结构一致;建立的qPCR 检测体系对SPVE 灵敏度高、特异性强,可用于对SPVE 的快速检测.

分类号： S435.31

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