基于SLAF-seq技术枇杷SNP位点开发

文献类型： 中文期刊

第一作者： 李晓颖

作者： 李晓颖;郑少泉;徐红霞;胡文舜;陈秀萍;邓朝军;陈俊伟

作者机构：

关键词： 枇杷;SLAF-seq;自然群体;SNP标记

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2021 年 015 期

页码： 5038-5045

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 利用SLAF-seq测序技术,开发一批特异性强、稳定性高的单核苷酸多态性（SNP）位点,为枇杷遗传图谱构建、分子辅助育种和物种进化等研究提供理论依据。本研究共收集294份枇杷属资源,利用SLAF-seq测序技术进行测序。以梨基因组为参考基因组进行电子酶切预测,确定使用HaeⅢ+Hpy166Ⅱ进行酶切,构建SLAF-seq文库,而后筛选314～364 bp长度的DNA片段定义为SLAF标签,预测可得到116 171个SLAF标签。共获得526.63 M reads数据,各样品所获得的读长数目在119 893～9 305 152范围内,平均读长为1 787581;测序质量值Q30的范围在88.26%～95.67%,平均为93.61%;GC含量分布在38.79%～42.92%范围内,平均值为40.35%。本实验以水稻测序获得0.16 M reads的数据量为Control,双端比对效率在91.28%,说明SLAF建库基本正常。生物信息学分析结果显示本研究共获得623 356个SLAF标签,且有123 498个多态性的标签,多态性为19.81%。在多态性SLAF标签上开发得到1 604 434个群体SNP标记。根据完整度>0.8,MAF>0.05过滤,共得到95 960个高一致性的群体SNP。

分类号： S667.3

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