转录组测序中核糖体RNA消减策略:研究进展与方法比较

文献类型： 中文期刊

第一作者： 李慧彤

作者： 李慧彤;刘丹;高建帅;唐新月;张博源;蒋卉;范学政;张广智;丁家波;沈青春;熊涛

作者机构：

关键词： 转录组测序;核糖体RNA;消减策略

期刊名称： 中国畜牧兽医

ISSN： 1671-7236

年卷期： 2025 年 52 卷 011 期

页码： 5030-5039

收录情况： 北大核心

摘要： 转录组测序(RNA sequencing,RNA-Seq)技术是一种能从细胞内基因和调控元件的转录水平揭示各种复杂生物学现象的有力工具,在农业育种、品种资源、营养代谢及医学等领域的应用十分广泛.核糖体RNA(rRNA)占细胞总RNA的80%以上,若直接对样品进行RNA-Seq建库测序,获得的测序数据超过90%来自rRNA,因此很难检测到各类低丰度RNA.rRNA消减技术能大大提高RNA-Seq技术的基因检测效率和敏感性,并能对低丰度非编码RNA进行定量检测,为揭示一些复杂的生物学机制提供更为精准的数据支持,而该技术在RNA-Seq建库中的作用常常没有得到应有的重视,导致部分测序数据不能反映样品的真实值.笔者对RNA-Seq中几种rRNA消减策略进行了概述,包括Olig dT磁珠捕获法、"拉出"法、RNase H选择性消减法和耐热双特异性核酸酶(DSN)选择性消减法,以及非随机引物反转录法、RNA阻断引物法等,并对各自的优劣势进行了比较,旨在为采用RNA-Seq技术的研究人员选择最合适的rRNA消减策略提供参考,为获得最接近样品真实值的研究数据提供支持和参考,以更好地服务于科学研究和技术创新.

分类号： S961.6

  • 相关文献

[1]连作介导的药用植物及其根际微生态灾变机制研究展望. 陈爱国,李明杰,张宝,王峰吉,古力,冯法节,刘红燕,张重义. 2016

[2]大麦白化颖壳突变体的转录组学分析. 栾海业,臧慧,沈会权,张英虎,乔海龙,陶红,申玉香,陈和. 2017

[3]鄂尔多斯细毛羊羊毛细度和皮肤转录组测序分析. 祁云霞,付绍印,何小龙,王标,达赖,特日格勒,陶萨茹拉,丹巴,刘永斌. 2015

[4]家蚕茧丝相关性状的研究进展. 刘娜,李娟,秦笙,李木旺. 2016

[5]不同海拔下花叶海棠叶片转录组核苷酸变异分析和比较. 张得芳,夏涛,文怀秀,王占林,刘霞,张磊,白灵娜. 2017

[6]茶丽纹象甲为害诱导的茶树防御反应分析. 高香凤,李慧玲,王让剑. 2019

[7]大猿叶甲转录组测序及生物学信息分析. 沙君雪,迟宝岩,张金波,李阳阳,史琛琛,倪鹤嘉,李海涛,高继国. 2018

[8]禽巴氏杆菌链霉素耐药株转录组测序与分析. 汪最,孔令严,邵华斌,卢琴,罗青平. 2018

[9]基于RNA-seq技术的甘蓝型油菜新转录本的鉴定. 徐文,安素妨,王艳,贾琳琳,鲁丹丹,张莹莹,刘建丰,李保全. 2018

[10]双孢蘑菇As2796子实体发育转录组测序分析. 施肖堃,蔡志欣,郭仲杰,卢园萍,陈美元,廖剑华,王泽生. 2018

[11]去势对淮南公猪背最长肌转录组的影响. 王璟,滑留帅,陈俊峰,张家庆,任巧玲,白红杰,郭红霞,徐照学,邢宝松,白献晓,曹海. 2019

[12]双孢蘑菇6个菌株不同发育阶段的转录组分析. 施肖堃,卢园萍,蔡志欣,郭仲杰,陈美元,廖剑华. 2019

[13]基于转录组测序的牧草分子标记开发研究进展. 郑玉莹,谢文刚. 2020

[14]NaCl胁迫下黑果枸杞转录组测序分析. 马彦军,段慧荣,魏佳,Richard John Tiika,单立山,马瑞. 2020

[15]miR-92a对奶山羊乳腺上皮细胞增殖及凋亡的调控分析. 包黎娟,刘育含,马毅,安小鹏,张月,张梦,王建刚,堵斌,李广,曹斌云. 2020

[16]棉铃虫Bt抗感品系的转录组差异表达分析. 刘运泽,张丹丹,曲爱军,郑方强,萧玉涛. 2019

[17]基于转录组测序对紫花苜蓿细胞质雄性不育系相关代谢通路的鉴定. 陈晶晶,王英哲,郭强,李海静,徐博. 2019

[18]紫背天葵叶片中花青素种类及合成调控基因转录组分析. 张少平,邱珊莲,张帅,洪佳敏,林宝妹,郑开斌. 2019

[19]基于转录组测序技术的黄唇鱼SSR分子标记筛选. 赵彦花,区又君,温久福,李加儿,周慧. 2019

[20]转录组测序分析猪胚胎附植的中期和后期卵巢差异表达基因. 付言峰,李兰,赵为民,方晓敏,李碧侠,王学敏,周李生,任守文. 2018

作者其他论文 更多>>

微信小程序