1株猪源动物联合乳杆菌S7全基因组测序及生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 刘辉

作者： 刘辉;季海峰;王四新;陈美霞;张董燕

作者机构：

关键词： 猪;动物联合乳杆菌;全基因组测序;基因注释

期刊名称： 中国畜牧兽医

ISSN： 1671-7236

年卷期： 2025 年 52 卷 001 期

页码： 25-38

收录情况： 北大核心

摘要： 【目的】旨在对1株具有较强耐酸耐胆盐特性的猪源动物联合乳杆菌S7进行全基因组测序及生物信息学分析。【方法】结合三代PacBio RSⅡ和二代Illumina HiSeq 2000测序技术对动物联合乳杆菌S7进行了全基因组测序，在此基础上使用GO、EggNOG、KEGG、CAZy、VFDB和CARD等数据库注释功能基因，利用TYGS(Type Strain Genome Server)构建系统发育树，并与2株同源模式菌株进行了共线性分析。【结果】动物联合乳杆菌S7的基因组大小为2.03 Mb, GC含量为44.14%,共预测到1 993个编码基因，包含65个tRNA、19个rRNA、35个sRNA、29个持家基因、11个基因组岛、6个前噬菌体、4个CRISPR-Cas、8个插入序列和10个转座子；分别有1 521、1 567、1 185和60个基因在GO、EggNOG、KEGG和CAZy数据库中得到注释；在VFDB和CARD数据库中注释到181个毒力基因和110个耐药基因；另外有14个基因参与耐酸，2个基因参与耐胆盐，22个基因参与黏附和聚集；基因组中还包括与温度应激、氧化应激和细菌素合成等多种与益生功能相关的基因。系统发育树和共线性分析发现，该菌株与模式菌株Ligilactobacillus animalis P38的进化关系最近。【结论】动物联合乳杆菌S7基因组中具有与耐酸、耐胆盐、黏附和聚集、温度应激、氧化应激和细菌素等相关的功能基因，可为菌株在饲料添加剂中的科学应用提供理论依据。

分类号： S816.3

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