基于BSA-seq和RNA-seq挖掘西瓜果皮硬度候选基因

文献类型： 中文期刊

第一作者： 张敬敬

作者： 张敬敬;田鹏;于洪春;李冰;高秀瑞;刘伟;吴楠;赵鑫泽;宋雪;刘会茹;潘秀清;武彦荣

作者机构：

关键词： 西瓜;果皮硬度;基因组测序;转录组测序;候选基因

期刊名称： 华北农学报

ISSN： 1000-7091

年卷期： 2024 年 39 卷 005 期

页码： 63-71

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为了挖掘西瓜果皮硬度关键调控基因，选育耐裂高硬度果皮西瓜品种。以西瓜果皮硬度差异显著的高硬度材料901和低硬度材料BSH为亲本，构建F2分离群体，采用极端性状混池重测序接合BSA（BSA-seq）方法进行定位，并结合转录组测序（RNA-seq）数据进行关联分析，挖掘果皮硬度关键调控基因。BSA-seq结果表明，SNPs和InDels关联区域交集位于10号染色体1 620 000—3 760 000 bp区间内共2.14 Mb的区段，包含150个候选基因，其中2个非同义突变基因和1个移码突变基因。将BSA-seq测序结果与RNA-seq测序结果进行联合分析发现，共有Cla97C10G187120、Cla97C10G187020、Cla97C10G187430、Cla97C10G187510、Cla97C10G187280和Cla97C10G186540 6个基因相关联，经生物信息学分析，确定Cla97C10G187120基因为西瓜果皮硬度候选基因。实时荧光定量（qRT-PCR）试验结果表明，转录组试验数据可靠，并且候选基因Cla97C10G187120在901中表达较BSH明显降低。本研究为进一步精细定位西瓜果皮硬度调控基因奠定了基础。

分类号： S651

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