基于BSA-seq和RNA-seq挖掘西瓜果皮硬度候选基因

文献类型： 中文期刊

第一作者： 张敬敬

作者： 张敬敬;田鹏;于洪春;李冰;高秀瑞;刘伟;吴楠;赵鑫泽;宋雪;刘会茹;潘秀清;武彦荣

作者机构：

关键词： 西瓜;果皮硬度;基因组测序;转录组测序;候选基因

期刊名称： 华北农学报

ISSN： 1000-7091

年卷期： 2024 年 39 卷 005 期

页码： 63-71

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为了挖掘西瓜果皮硬度关键调控基因，选育耐裂高硬度果皮西瓜品种。以西瓜果皮硬度差异显著的高硬度材料901和低硬度材料BSH为亲本，构建F2分离群体，采用极端性状混池重测序接合BSA（BSA-seq）方法进行定位，并结合转录组测序（RNA-seq）数据进行关联分析，挖掘果皮硬度关键调控基因。BSA-seq结果表明，SNPs和InDels关联区域交集位于10号染色体1 620 000—3 760 000 bp区间内共2.14 Mb的区段，包含150个候选基因，其中2个非同义突变基因和1个移码突变基因。将BSA-seq测序结果与RNA-seq测序结果进行联合分析发现，共有Cla97C10G187120、Cla97C10G187020、Cla97C10G187430、Cla97C10G187510、Cla97C10G187280和Cla97C10G186540 6个基因相关联，经生物信息学分析，确定Cla97C10G187120基因为西瓜果皮硬度候选基因。实时荧光定量（qRT-PCR）试验结果表明，转录组试验数据可靠，并且候选基因Cla97C10G187120在901中表达较BSH明显降低。本研究为进一步精细定位西瓜果皮硬度调控基因奠定了基础。

分类号： S651

  • 相关文献

[1]不同硬度西瓜果皮发育进程中硬度变化及解剖构造研究. 张敬敬,高秀瑞,李冰,武彦荣,史宇凡,刘婧颖,潘秀清. 2021

[2]不同硬度西瓜果皮的转录组测序及相关基因表达分析. 张敬敬,李冰,史宇凡,高秀瑞,潘秀清,宋雪,武彦荣. 2022

[3]哈茨木霉Th-33Thga1基因的功能. 蒋细良,庞莉,王丽荣,李梅. 2015

[4]普通菜豆基因组研究进展. 武晶. 2021

[5]西番莲HSF基因家族的全基因组鉴定及成花期对高温胁迫的响应. 吴艳艳,刘洁云,周俊妞,田青兰,黄伟华,朱陈利,牟海飞. 2025

[6]基于BSA-seq和RNA-seq的西瓜裂刻叶候选基因挖掘. 王志强,杜慧莹,李程,郭松,田梅,于蓉. 2025

[7]鲜食葡萄果实质地遗传分析. 马丽,郭修武,乔军,孙凌俊. 2022

[8]甘薯属耐盐植物马鞍藤基因组大小及特征分析. 霍恺森,赵冬兰,陈艳丽,周志林,王珧,唐君,朱国鹏,曹清河. 2019

[9]我国鸭肝炎病毒分离株基因组的测定与分析. 马秀丽,宋敏训,于可响,廖明,辛朝安. 2009

[10]芋[Colocasiaesculenta(L.) Schott]的倍性水平及基因组特征解析. 殷剑美,王立,蒋璐,韩晓勇,郭文琦,李春宏,张培通. 2019

[11]苏云金芽胞杆菌G03菌株的比较基因组分析. 姚萌,王奎,束长龙,杜立新,李海涛,丁明月,刘荣梅. 2018

[12]植原体致病分子机理研究进展. 李继东,陈鹏,倪静,顾理媛,王会鱼,郑先波,冯建灿. 2019

[13]山区谷子连作障碍机理研究. 李琳,王根平,师志刚,张婷,罗焱杰,程汝宏,董立,高翔. 2020

[14]茄科作物青枯病研究进展. 乔俊卿,陈志谊,刘邮洲,刘永锋,梁雪杰,张磊. 2013

[15]基因组测序技术解析耐除草剂转基因水稻G2-7的分子特征. 马硕,焦悦,杨江涛,王旭静,王志兴. 2020

[16]基于谷子测序开发的SSR标记多态性检测. 王永芳,李伟,智慧,李海权,刁现民. 2010

[17]γ射线辐射诱导水稻突变体的基因组变异分析. 张莉,张勇,张渊海,张逸妍,解涛,彭选明,杨震. 2021

[18]马基因组研究进展. 杨虹,马月辉,李蓓,芒来. 2010

[19]洋葱黄色条纹突变体叶绿体基因组测序及嵌合体验证. 惠林冲,陈微,张仕林,李威亚,何林玉,杨海峰,潘美红. 2023

[20]犬副流感病毒分子克隆的构建及全基因组序列分析. 齐宾宾,宋彩玲,陈小微,曲连东,刘明. 2015

作者其他论文 更多>>

微信小程序