假茄科雷尔氏菌菌株RSCM的全基因组测序及基因组比较分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 丁善文

作者： 丁善文;马紫君;蓝国兵;汤亚飞;何自福;佘小漫

作者机构：

关键词： 假茄科雷尔氏菌;全基因组测序;比较基因组分析;特异基因

期刊名称： 植物保护学报

ISSN： 0577-7518

年卷期： 2023 年 005 期

页码： 1137-1149

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为丰富假茄科雷尔氏菌Ralstonia pseudosolanacearum基因组数据库并探索其致病机理，以前期从南瓜上分离的菌株RSCM为研究对象，采用第二代Illumina平台与第三代PacBio平台相结合的测序技术对其进行全基因组测序，利用SMRT Link、Arrow和eggNOG等软件对测序得到的原始数据进行组装、拼接和注释，并通过比较基因组方法分析其与菌株GMI1000的差异。结果表明，菌株RSCM基因组大小约为6 000 712 bp，由3 788 542 bp的环形染色体和2 212 170 bp的环形宏质粒组成，含有5 047个编码基因，其中分别有3 579、4 240、3 171个基因获得GO、COG和KEGG数据库的注释；在菌株RSCM基因组中预测到58个tRNA、4个5S rRNA、4个16S rRNA、4个23S r RNA和4个ncRNA，含有5个前噬菌体序列和35个基因组岛。ANI分析发现研究对象与菌株GMI1000的亲缘性最近，ANI值为99.0%；基因组对比分析结果显示，与菌株GMI1000相比，菌株RSCM中存在易位、倒置、易位兼倒置的基因有571个；缺失1个Ⅱ型分泌系统的基因簇Cluster-3；且包含RipS8、RipAL、RipAP、RipAT、RipBA、RipBE、RipBM和RS＿T3E＿Hyp14八个特有的Ⅲ型效应蛋白。对RipBA效应蛋白进行鉴定分析，发现其具有1个糖基化位点、3个蛋白激酶C磷酸化位点和2个豆蔻酰化位点；RT-qPCR检测发现，在菌株RSCM侵染寄主过程中RipBA基因显著上调表达。表明菌株RSCM与菌株GMI1000的基因组存在差异，推测其可能与假茄科雷尔氏菌的寄主适应性和致病性有关。

分类号： S432.4

  • 相关文献

[1]引起芭蕉芋细菌性软腐病的玉米迪基氏菌(Dickeya zeae)CE1的全基因组序列及比较基因组学分析. 张景欣,沈会芳,蒲小明,孙大元,杨祁云,林壁润. 2020

[2]辣椒疫霉拮抗菌Y4-39全基因组测序与分析. 颜瑾,熊有明,肖志鹏,杨未,邹修为,鲁耀雄,周升明,张艳,王运生. 2022

[3]耐草甘膦菌株Pantoea rodasii S1536全基因组测序及比较基因组分析. 杨小艳,王忠伟,吴红,韩垚,雷开荣,谢树章. 2020

[4]假茄科雷尔氏菌引起向日葵青枯病在中国的首次报道. 佘小漫,李萍,蓝国兵,于琳,李正刚,汤亚飞,何自福. 2023

[5]丝状支原体山羊亚种特异性蛋白基因Mmc-3740的克隆表达和免疫原性分析. 张靖鹏,江锦秀,林裕胜,游伟,胡奇林. 2019

[6]棉纤维特异基因及其特异启动子的研究进展. 吕少溥,王旭静,唐巧玲,王志兴. 2014

[7]“沪农灵芝1号”聚酮合酶特异性分析. 龚明,鲍大鹏,唐传红,张劲松. 2017

[8]两株茶尺蠖核型多角体病毒毒株对灰茶尺蠖的毒力及基因组差异. 张欣欣,梅洋,李红,唐美君,贺康,肖强. 2021

[9]水稻外源DNA导入变异系与受体的农艺性状差异及其基因变异分析. 胡远艺,彭彦,毛毕刚,王津津,赵炳然. 2013

[10]高质量竹黄菌全基因组DNA的提取方法比较. 黄青青,乙引,魏洪美,任锡毅,刘永翔. 2015

[11]一株分离自鸡肉样品的多重耐药大肠埃希菌的全基因组测序及耐药性研究. 常江,罗怡,唐标,张玲,戴贤君,裘罕琦,杨华,夏效东. 2019

[12]吲哚放线杆菌AIFJ1607株全基因组测序及耐药特性分析. 车勇良,陈秋勇,陈如敬,吴学敏,王隆柏,刘玉涛,周伦江. 2021

[13]紫芝栽培品种‘武芝2号’(‘紫芝S2’)全基因组测序及分析. 陈体强,徐晓兰,石林春,钟礼义. 2021

[14]抗病毒转基因大豆事件外源T-DNA序列分析及定性检测. 刘东波,邢国杰,赵倩倩,杨静,牛陆,杨向东,仲晓芳. 2020

[15]牛源乳腺致病性大肠杆菌JL05全基因测序及毒力和耐药基因分析. 曲星霖,肖丹,吴健,马晓媛,白翠,王妍,王楠. 2020

[16]山羊地方性鼻内肿瘤病毒ENTV-2FJ株的分离纯化和全基因组序列分析. 江锦秀,林裕胜,张靖鹏,游伟,黄丽丽,毛坤明,胡奇林. 2020

[17]山羊内源性鼻内肿瘤病毒enENTV-FJ1株全基因组测序及生物信息学分析. 江锦秀,张靖鹏,林裕胜,毛坤明,游伟,黄丽丽,胡奇林. 2020

[18]海产源多重耐药共生菌的耐药表型及耐药基因分析. 吴书香,李丽倩,姚琳,王联珠,曲梦,李风铃,谭志军,江艳华,王鹏. 2023

[19]固氮斯氏假单胞菌A1501的PST1305(arsC)基因遗传进化及表达调控的研究. 樊慧俐,窦岳坦,燕永亮,平淑珍,林敏. 2008

[20]1株ST515型多重耐药单增李斯特菌全基因组测序分析. 杜冬冬,钱晶,常恒瑞,李红敏,魏向利,刘长勇,罗瑞峰,王国红,康立超. 2024

作者其他论文 更多>>

微信小程序