基于全基因组重测序的油莎豆InDel位点鉴定及分子标记开发

文献类型： 中文期刊

第一作者： 张向歌

作者： 张向歌;程珊;陈晨;朱雅婧;李春鑫;许欣然;王树峰;武林海;王会伟

作者机构：

关键词： 油莎豆;种质资源;全基因组重测序;InDel位点;分子标记

期刊名称： 种子

ISSN： 1001-4705

年卷期： 2024 年 008 期

页码： 52-59

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 选取4种不同类型油莎豆种质资源进行全基因组重测序，以此全基因组水平鉴定油莎豆的InDel位点，并根据多态性InDel位点序列信息开发有效的分子标记。基于重测序数据与油莎豆参考基因组的序列比对，利用GATK和SAMtools软件共鉴定到321 271个InDel位点，在油莎豆各个scaffold上呈现高密度分布，其中93%以上位点呈现出杂合类型。通过4种油莎豆种质间InDel位点的多态性分析，发现98%的InDel位点不具有多态性，最终鉴定出6 036个多态性InDel位点。基于多态性InDel位点的插入/缺失序列长度分析，筛选出829个插入/缺失序列长度大于20 bp的多态性InDel位点，适用于开发可通过琼脂糖凝胶电泳检测的InDel分子标记。选择8个多态性位点进行InDel分子标记开发和琼脂糖凝胶电泳检验，结果表明，鉴定的多态性InDel位点真实可靠以及开发的InDel分子标记合适可用。本研究利用不同类型油莎豆种质鉴定出大量的多态性InDel位点，能够开发出适合、准确、有效的InDel分子标记，极大地丰富了油莎豆的分子标记资源，为油莎豆种质资源更加精确的评价、鉴定和利用提供可靠的技术支撑。

分类号： S565.9

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