雷蒙德氏棉和拟南芥基因启动子中顺式作用元件的分布

文献类型： 中文期刊

第一作者： 孙高飞

作者： 孙高飞;何守朴;杜雄明

作者机构：

关键词： 雷蒙德氏棉;全基因组;顺式作用元件

期刊名称： 遗传

ISSN： 0253-9772

年卷期： 2013 年 35 卷 10 期

页码： 1226-1236

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 随着雷蒙德氏棉(Gossypium raimondii)基因组草图的完成,相关的基因组学研究已经全面展开。文章利用已公布的雷蒙德氏棉和拟南芥基因组序列,结合顺式作用元件(cis-regulatory element,CRE)数据库PLACE中的CRE序列信息,对两个物种中带有5′UTR注释的基因启动子上游1 000 bp序列进行CRE扫描和统计。结果表明,雷蒙德氏棉和拟南芥基因组中分别有44(12.3%)和57(15.5%)个CRE在启动子的特定位置呈峰状分布,其中在两个基因组均呈峰状分布的有34个,这些CRE又可以根据核心序列分为4大类。TATABOX类CRE顶峰在启动子中出现的位置和其真实位置(~30 bp)具有一致性,预示CRE真实位置在不同基因启动子中相对保守,从而推测本研究中呈峰状分布CRE的顶峰位置可能就是转录因子和该CRE结合的真实位置。而同一CRE在两个基因组中存在的位置差异则主要源于雷蒙德氏棉基因的5′UTR长度变异大于拟南芥。另外,文章还发现绝大多数峰状分布的CRE的位置都集中在110 bp~0 bp之间,这种集中的分布可能更有利于转录因子之间相互作用,从而调控下游基因的表达。

分类号： Q943`S562

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