环境样本中微型和微微型浮游植物高通量测序的引物优化

文献类型： 中文期刊

第一作者： 刘卫东

作者： 刘卫东;宋伦;吴景

作者机构：

关键词： 微型浮游植物;微微型浮游植物;高通量测序;18S rDNA可变区V4;可变区V9

期刊名称： 生态学报

ISSN： 1000-0933

年卷期： 2017 年 12 期

页码： 4208-4216

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 分别以18Sr DNA的V4区和V9区为目标基因,采用高通量测序平台和生物信息学方法,分析海水样品中微型和微微型浮游植物多样性。利用在线分析软件对V4(F/R)、V9(F/R)和C4(F/R)3对引物的敏感性、特异性进行了评估和比较,发现自行设计的引物V4(F/R)对真核藻类的扩增特异性高于V9(F/R)和C4(F/R)。高通量测序结果显示,检测样品平均获得68834条原始序列,高质量数据占99%以上,获得基因注释的序列数达94%以上。3对引物V4(F/R)、V9(F/R)、C4(F/R)鉴定的平均微型/微微型浮游植物OTUs数分别为78、42、58,引物V4(F/R)鉴定效率相对较高,同时对细小微胞藻(Micromonas pusilla)、(金牛微球藻Ostreococcus tauri)、密球藻(Pycnococcus provasolii)、抑食金球藻(Aureococcus anophagefferens)、赤潮异弯藻(Heterosigma akashiwo)等优势种检出频率高于引物V9(F/R)。相对已发表的2对引物,设计的引物V4(F/R)对海洋微型和微微型藻类多样性检测更为高效。

分类号： Q943.2

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