利用简化基因组测序筛选安格斯牛生长相关的受选择基因

文献类型： 中文期刊

第一作者： 吕世杰

作者： 吕世杰;陈付英;金磊;张子敬;朱肖亭;施巧婷;辛晓玲;楚秋霞;柏中林;王二耀;徐照学

作者机构：

关键词： 南阳牛;生长性状;候选基因;选择性清除;遗传分化系数

期刊名称： 畜牧兽医学报

ISSN： 0366-6964

年卷期： 2020 年 004 期

页码： 713-721

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 旨在探究安格斯牛生长相关的受选择基因,为肉牛生长相关主效基因的鉴定提供参考.本试验共采集72头南阳牛母牛和14头黑安格斯牛母牛血样并提取基因组DNA.利用SLAF-seq(specific-locus amplified fragment sequencing)技术获得全基因组SNP标记并对试验个体基因型进行分型.通过计算各SNP位点的遗传分化系数(Fst值)和核苷酸多态性(πratio)筛选两品种间的差异基因组区域,并与动物QTL数据库中牛生长性状QTLs进行比对,重合区域作为候选区域.随后对候选区域内基因进行功能注释以筛选候选基因,并根据"Expression Atlas"数据库对候选基因的组织表达情况进行分析.经筛选后,本试验共得到69 762个SNPs,以Fst值和πratio值的99%分位数为阈值筛选得到33个两品种间高度差异的基因组区域,其中16个基因组区域与生长性状相关QTLs重合.这些区域共包含27个基因,其中4个基因(FXR1、ADAR、IGF1和MNF1)与骨生长、肌肉发育和生长调控有关.FXR1和MNF1均在骨骼肌组织中高表达,ADAR和IGF1分别在脑组织和肝脏中表达最高.结果提示,IGF1基因可作为影响肉牛生长的关键候选基因,FXR1、ADAR、MNF1基因可优先进行进一步验证研究.

分类号： S823.2

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