应用高分辨率熔解曲线(HRM)开发大菱鲆(Scophthalmus maximus)SNP标记的研究

文献类型： 中文期刊

第一作者： 刘庆明

作者： 刘庆明;李猛;马爱军;王新安;黄智慧;郭建丽

作者机构：

关键词： 单核苷酸多态性标记(SNP);大菱鲆;高分辨率熔解曲线分析;EST序列

期刊名称： 海洋与湖沼

ISSN： 0029-814X

年卷期： 2012 年 43 卷 06 期

页码： 123-130

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 利用Vector NTI Advance 11软件分析了NCBI数据库中大菱鲆的12428条EST序列,筛出候选SNP位点;应用高分辨率熔解曲线(HRM)对大菱鲆不同性状群体进行基因分型。结果表明,522个重叠群中共筛出160多个候选SNP位点;设计56对引物用于实验,能扩增出目的片段的引物有37条,合45个位点,成功率为66.1%;设计探针,能与候选SNP位点杂交的探针有13条,杂交率为28.9%。本实验中能成功进行基因分型的位点共有8个,占杂交位点的61.5%,其中有6个为碱基替换型位点,即G-A和C-T各占3个,2个为碱基颠换型位点,即T-G和A-T各占1个。

分类号： S917.4

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