藜芦bHLH转录因子分析鉴定

文献类型： 中文期刊

第一作者： 寇呈熹

作者： 寇呈熹;佟金泉;马瑞;孙伟;薛哲勇;麻鹏达

作者机构：

关键词： 藜芦;转录组;bHLH转录因子;系统进化;基因表达

期刊名称： 中草药

ISSN： 0253-2670

年卷期： 2022 年 53 卷 014 期

页码： 4476-4485

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 目的 基于转录组数据,利用生物信息学方法鉴定藜芦Veratrum nigrum bHLH转录因子基因家族,并作初步分析.方法 通过隐马可夫模型从藜芦转录组序列中筛选bHLH基因,并使用ExPASy、MEME等在线网站及MEGA、TBtools等软件对藜芦bHLH进行理化性质、保守基序等可视化分析.结果 在藜芦转录组中共鉴定到72条bHLH转录因子,VnbHLH转录因子氨基酸数目为105~692,等电点介于4.69~11.47,相对分子质量为11 071.2~77 795.3,亚细胞定位分析显示VnbHLH均定位于细胞核中;系统发育分析将VnbHLH转录因子分为6个亚族,VnbHLH在不同组织中表达差异显著,Vn_54312、Vn_14037在根中表达较高,推测其可能参与了藜芦植物根部某些生物碱的合成.结论 根据转录组数据分析了药用植物藜芦中的bHLH转录因子基因家族,有助于下一步对藜芦bHLH转录因子家族功能预测及验证.

分类号： R286.12

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